菏泽高新技术产业开发区，简称菏泽高新区，位于菏泽市区西部，辖
万福街道、
吕陵镇、
马岭岗镇，核准面积为1499.79公顷、人口24.8万。
截至2013年底，累计入区企业140余家，投产企业91家，其中
规模以上工业企业62家。2012年，规模以上工业企业完成
主营业务收入210亿元，上缴税金14.65亿元，同比增长46.9%、31.8%；2013年1-6月，规模以上工业企业完成主营业务收入143.43亿元，上缴税金5.83亿元，同比分别增长39.4%、增长37.8%。形成了新医药、新材料和新能源三大主导产业。特别是医药产业从无到有，由小变大，医药及医疗器械、医疗设备、医药包装等关联企业40余家，2012年实现销售收入169.6亿元，成为了全市医药产业发展核心，助推菏泽进入医药大市行列，跨入全国产业集群竞争力百强，被誉为“医药谷”。机械电子新材料产业发展势头强劲，华盛荣镁合金、广源6万吨高精密铜带和5000吨高精压延电子铜箔、正时高铁刹车片、欧龙配件等12个重点项目扎实推进，华盛荣镁合金与北汽集团、瑞典锋万登实现全面合作，产业发展后劲凸显。新能源、新信息及现代服务业快速起步，小额贷款、创业基金、融资担保等已发挥效益。
高新区科技创新发展显著，组建了山东省医药产业技术创新战略联盟，承担国家火炬计划、国家科技支撑计划、省自主创新成果转化重大专项等省级以上科技计划40项；6项目被列入山东省战略性新兴产业项目，建有市级以上工程研究中心、企业技术中心、工程实验室21家，
院士工作站1家；成立了现代中药创新协作中心，山东科学院中试基地、泰山学者岗在高新区挂牌；拥有省级创新型企业2家，市级创新型企业3家，市级创新型试点企业11家；市级以上
高新技术企业发展到27家。
2023年9月9日，山东省人民政府同意调整菏泽高新技术产业开发区核准面积。调整后，菏泽高新技术产业开发区核准面积为1499.79公顷，共三个区块。区块一面积620.52公顷，四至范围为东至尚德路，南至吕陵镇直属宗地北侧，西至庞楼村东侧，北至大学西路。区块二面积683.71公顷，四至范围为东至昆明路，南至杨营村北侧，西至成都路，北至鹿坊村南侧、丁庄村南侧。区块三面积195.56公顷，东至240国道，南至郭赵庄村北侧、万乾村西北侧，西至桑树侯村东侧、十五张村东侧，北至纸坊村西南侧。具体以界址点坐标控制，界址点坐标由省自然资源厅负责发布。
被誉为“朝阳产业”的医药产业，先后引进医药加工项目26个，医疗器械、医药设备、医药包装等关联项目8个，在园区南部和北部的两大优势区域规划了现代中药、生物制药两大医药工业区，产品涵盖了中药、西药、原料药、
医药中间体、保健品、医疗器械、制药设备等几大门类、千余品种。以步长制药、华信制药、健民制药、誉衡制药等为龙头，形成了从中药材种植、饮片加工、制剂生产到市场物流的现代中药生产基地，步长制药的
稳心颗粒被列入国家火炬计划，
丹红注射液是全国单品种销量最大中药制剂，相继获2010年度山东省科技进步一等奖、中国第十二届专利金奖；“丹红注射液近红外在线自动质量控制”项目被列入国家 “十一五”重大专项山东创新药物孵化基地项目子课题、国家发改委现代中药高技术产业发展专项、2010年山东省自主创新成果转化重大专项和山东省重大药物产值利税双倍增科技示范工程；“稳心颗粒技术改造研究”、“丹红注射液谱-效及安全性相关评价系统的建立”均被列入国家“十二五”重大新药创制”科技重大专项，
得力生注射液是目前国内唯一批准的二类抗癌植物类新药，属世界首创；誉衡药业的银杏内脂B注射液、艽龙苦素注射液均被批准为国家一类新药。以睿鹰先锋制药、润泽制药、立海润制药、方明制药等企业为依托，形成了国内规模较大、技术先进、产品纯度高、产业链条长的头孢类、大环内酯类医药中间体、原料药生产基地，睿鹰先锋制药的30项科研成果通过省级鉴定，8项为国内独创，其中酰基化试剂T-1216被列入国家火炬计划。2008年，医药产业以发展速度快、聚集程度高、创新能力强、龙头带动明显、发展后劲足的显著特点入选中国县域经济产业集群竞争力百强，被省内外主流媒体誉为“医药谷”， 2009年，被省发改委批准为第一批省级生物高技术产业基地，成为全市医药产业发展核心。4月19日至20日，全国食品药品监管系统科学监管论坛在菏泽召开，标志着菏泽市已跻身全国医药大市行列。力争到2012年，高新区医药产业实现产值200亿元、利税50亿元，成为全省最大的现代中药生产基地、生物医药产业基地、全国最大的抗生素、原料药生产基地。
新材料、机械电子产业也快速起步，已表现出了科技含量高、投资规模大、发展后劲足的特点。山东中厦电子有限公司拥有10多项国际领先专利技术，开发了19种高科技产品，申请发明专利7项，获省市级创新基金2项，其中敏感智能新材料被列入国家“863计划”；菏泽宏瑞新型材料有限公司的
氧化锆陶瓷纤维及增强的磷酸盐基宽带透波复合材料被国家列为“863”计划新型材料领域的研究课题，填补了国内空白；山东良艺公司研发的“STC水溶性树脂”被科技部列为国家级新产品，获山东省科技进步奖；山东华盛荣镁业科技公司拥有22项以上国家专利技术和产品，1项国际专利产品，其中“镁合金宽幅型材挤压装置及生产工艺”是国家重点支持的新材料制备创新项目，填补了世界空白，被列入2010年山东省自主创新成果转化重大专项，并进入国家“十二五”科技发展规划，投产后年产值可达200亿元；菏泽广源铜带股份有限公司研发的压延性电子铜箔厚度仅为0.006毫米，技术水平国际领先，填补国内空白，已申报国家科技支撑计划，进入了国家“十二五”科技创新规划，开发的“耐腐蚀高精黄铜带项目”和“移动通讯RF同轴电缆专用高精高导铜带”项目分别被列入省、市重大科技专项。
食品加工产业特色鲜明，先后引进了兔巴哥、
米老头、
巧媳妇、鹤福、成友、范府、康师傅等名牌企业，产品涵盖了乳制品、休闲食品、
调味品、
肉制品等4大类200余个品种，形成了产品门类繁多、名牌聚集、特色鲜明的食品加工区，组建起了乳制品、肉制品、酿造食品、休闲食品、保健品、速冻食品等多品种、多门类的食品产业大家庭，形成了比较完整的产业链。