萧子恪在
永明年间获封南康县侯。十二岁时，萧子恪和从兄司徒、竟陵王
萧子良写下
《高松赋》，卫军将军
王俭看到觉得惊奇；他最初担任宁朔将军、淮陵
太守，
建武年间迁任
辅国将军、
吴郡太守，同时找来
沈约和孔珪学习。大司马
王敬则在会稽造反，声称拥立萧子恪为帝，他却弃郡逃亡；始安王
萧遥光劝
齐明帝趁这机会诛杀
齐高帝和
齐武帝的子孙，明帝就召来萧子恪和竟陵王
萧昭胄的兄弟亲属等七十多人到永福省，令太医煮熟二斛椒，同时预先制造数十具棺材，向舍人沈徽孚说：“椒熟的时候赐死他们。”期待在到三更杀害他们。明帝暂时睡下，主书单景隽请求依旨杀死诸侯，沈徽孚坚持要再看形势。三更天，萧子恪赤脚跑到建阳门，明帝惊醒，得到沈徽孚、单景隽的回答，抚床说：“萧遥光几乎误了人事。”于是哭着与萧子恪相见，赐诸侯饭菜，还任萧子恪为
太子中庶子。东昏侯
萧宝卷即位，他迁任
秘书监，领授右军将军，不久改官
侍中；中兴二年（502年）转任辅国咨议参军。
天监元年（502年），南梁朝廷降萧子恪爵位为南康县子，除授
散骑常侍，领步兵校尉，但他以病未拜任，徙任
光禄大夫，很快但任司徒左
长史；又外任永嘉太守。回朝后出任
光禄卿、秘书监，再外任明威将军、
零陵太守。天监十七年（518年），又入朝任官散骑常侍、辅国将军，到
普通元年（520年）迁官宗正卿；两年后（522年）转迁
都官尚书。普通四年（523年），萧子恪转为
吏部尚书，两年后（525年）改任
太子詹事。大通二年（528年），他外任宁远将军、
吴郡太守，次年（529年）于郡舍去世，虚岁五十二，朝廷下诏赠侍中、
中书令，
谥号恭。他有兄弟十六人都在南梁当官，其中他和萧子质、
萧子显、
萧子云、萧子晖都有才能，他曾和亲友说：“文史的事，我的弟弟准备充足，无须我牵挂，只求节俭奉公，并无犯错就可以了。”他亦曾涉猎文学，但很快丢下了，因此没有留下文集。