1990年，执导实验短片《五个镜头》，该片描述一个房间里所发生的事情，五个朋友共同策划着一出戏剧，摄影机则扮演他们各自的观点，获得第2届金带奖最佳造型艺术佳作奖。
1994年，创作短片《倒数契约》，该片入选台湾电影金马奖国际影展观摩片、第18届金穗奖优等短片奖。1995年，执导实验短片《杠在那儿》，该片为第1届釜山国际影展的观摩作品，获得第19届金穗奖最佳实验录像带奖。
1998年，担任剧情电影《
海上花》的副导演，该片由
侯孝贤执导。2000年，执导个人首部电影《
命带追逐》，该片由李俊杰、
范筱梵、王沛萁联合主演，获得新闻局88年度500万元国片辅导金、第20届温哥华国际电影节最佳影片龙虎奖，他凭借该片获得台北电影节商业推荐评估奖导演新人奖。
2004年，由其执导的音乐录像带《你静静听》获得第15届台湾金曲奖最佳音乐录影带导演奖。2010年，执导由
桂纶镁、
林辰唏、
张翰联袂主演的爱情文艺电影《
第36个故事》，影片讲述了开咖啡店的两个女孩与咖啡店客人的奇妙故事，获得台北电影节观众票选奖。
2011年，与
王小棣、
王童等二十位导演联合执导以“台湾特有”为题旨的系列短片《
10+10》。2018年，执导由
黄仲昆、
庄凯勋、
傅孟柏联合主演的剧情电影《
范保德》。
在短片《倒数契约》中，萧雅全的造戏及用镜头叙事的能力极强，技术上表现也很成熟，整体来说，流畅而均衡。他透过简洁的电影语法，成功地将观众带入剧中人等待的情感中。在电影《命带追逐》中，萧雅全能突破传统台湾电影的严肃面貌，以幽默诙谐的清新方式叙事，比白景瑞的喜剧手法，更能表现台湾年轻人无厘头的新面貌，这种努力突破前人的企图心颇为可喜。此外，他基础功力深厚，场面调度细腻，想象力强，描写青春有敏锐观察力，并带有浓重的文学性，可看到他极力要走出自己独特风格的创作欲望和挑战勇气（金穗奖评审聂仰贤、金穗奖评审王慰慈、《电影艺术》综合评）。