萨迦政权（1265-1353年），亦称萨迦王朝，是元朝时期在西藏地区由萨迦派建立的政教合一的地方政权，驻地在后藏萨迦（今萨迦县）。萨迦政权的首领是元帝师，来自款氏家族，行政事务由本钦掌管。

萨迦政权是受元朝支持和管辖的地方政权，其僧俗首领均由元朝政府册封任命。1353年萨迦政权亦被帕竹政权取代。

1244年萨迦派教主萨迦班智达.贡噶坚赞（萨班）应蒙古宗王阔端之请携侄八思巴亲赴凉州，于1247年得见阔端王，议定吐蕃地方归顺条件，并致书《萨班致蕃人书》于西藏僧俗，西藏地方正式归属蒙古汗国管辖。

1251年，阔端王和萨班先后卒于凉州，乌思藏地区一度陷入混乱。1252年，蒙古蒙哥汗派使臣入藏清查户口划定地界。1253年忽必烈在六盘山接受萨迦教主八思巴灌顶并奉其为上师。

1260年忽必烈即蒙古大汗位，封八思巴为“国师”，统领天下释教，并委托八思巴创制蒙古文，这也是元帝任命帝师之始，终元之世帝师均由元帝任命。

1264年忽必烈迁都燕京，设总制院以“管领释教僧徒及吐蕃之境”，命八思巴总领院事，赐珍珠诏书。1265年八思巴返回萨迦封授各地僧俗首领，分乌思藏为十三万户，任命释迦桑波为第一任萨迦本钦管理乌思藏地方，忽必烈为此任命并赐释迦桑波“卫藏三路军民万户”之印鉴，萨迦政权正式建立。

1268年本钦.释迦桑波遵照忽必烈旨意任命十三万户长并协助忽必烈对各万户进行忽必烈时期的第二次清查户口，推行“乌拉制度”。1269年忽必烈在青藏地区设置了27个驿站并颁行八思巴所创蒙古文。

1270年忽必烈封八思巴为“帝师”，又加“大宝法王”，将乌思藏地区的十三万户赐予八思巴统领。

1277年第二任萨迦本钦贡噶桑波与八思巴爆发冲突，忽必烈命桑哥领元军入藏杀死了贡噶桑波平息了萨迦内部的骚乱。1280年萨迦五祖之一的八思巴圆寂。

1281年由于萨迦派干预止贡派内务两派产生纠纷并不断升级，1285年止贡派引来伊儿汗国军队进攻萨迦派，1290年萨迦本钦阿琏引元军以及其他十二万户军队攻破止贡万户，史称“止贡之变”。

1288年元廷改“总制院”为“宣政院”，下辖吐蕃等处宣慰使司都元帅府、吐蕃等路宣慰使司都元帅府、乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府。

1322年萨迦款氏家族的四个拉章发生了分裂萨迦派也开始走向衰弱 。1329年朗氏家族的帕竹万户长绛曲坚赞与雅桑万户发生纠纷，由于绛曲坚赞不愿受制于担任调解的萨迦派，于是帕竹万户与萨迦派也爆发矛盾，此后绛曲坚赞利用萨迦款氏家族分裂衰弱的时机开始兼并前藏地区。

1346年帕竹万户战胜雅桑万户，萨迦本钦将帕竹万户长绛曲坚赞逮捕，但此时萨迦四拉藏争端再起导致本钦换人，绛曲坚赞也因此得以获得释放返任。1348年帕竹万户长绛曲坚赞打败了由萨迦本钦率领的万户联军并派人入京，被元顺帝重新封为万户长，巩固了其政治地位。1349年绛曲坚赞利用萨迦家族四拉章的矛盾消灭了雅桑和止贡万户并统领了前藏。1353年帕竹万户再次打败萨迦和万户联军并利用萨迦朗氏家族再次发生内乱之机，支持萨迦内部一派，并联合乌思藏宣慰司的军队进兵萨迦控制了后藏地区。帕竹万户绛曲坚赞遣人进京朝贡，被元顺帝封为“大司徒”，并赐予时代掌管西藏地方政权的诏书和金印。1357年绛曲坚赞再次利用萨迦内部矛盾进兵萨迦收缴了末代萨迦本钦的大印，萨迦政权最终被帕竹政权取代。