董事会管理制是实行董事会领导下的总经理负责制。具有法人资格的合作企业，一般采取董事会制。董事会是合作企业的最高权力机构,决定合作企业的重大问题。有关董事会及其经营管理机构的组建与职责、工作程序等可参照中外合资经营企业法的规定。

联合管理制是不具有法人资格的中外合作经营企业常采用的管理方式。由合作各方代表组成的联合管理机构,是企业的最高领导和决策机构，它有权决定企业的重大问题。联合管理机构的主任和副主任，分别由中外合作者担任。联合管理机构可以决定任命或聘请总经理负责合作企业的日常经营管理工作。总经理对联合管理机构负责。