蓄滞洪区管理是运用法律、经济、技术和行政手段，对蓄滞洪区的防洪安全与建设进行管理的工作。通过管理，合理有效地运用蓄滞洪区安排超额洪水，使区内居民生活和经济活动适应防洪要求，达到防洪安全保障的目的。分洪区、蓄洪区或滞洪区统称为蓄滞洪区。

主要有：①建立健全管理机构；②制定蓄滞洪区总体规划和安全建设规划，并监督实施；③编制防洪调度运用准备和群众撤离安置措施；④分洪后救助、补偿和善后工作；⑤进行日常管理，加强安全设施建设与管理，控制人口增长和限制经济发展；⑥制定法律、法规，依法管理蓄滞洪区。

蓄滞洪区所在地政府可根据需要成立蓄滞洪区管理机构和蓄滞洪区管理委员会。管理委员会可由当地水利、计划、财政、税务、交通、公安、农业、计划生育、邮电通信、土地管理等部门组成。管委会的日常工作由蓄滞洪区管理机构负责。

蓄滞洪区安全建设规划是区内居民生产生活建设和指导社会经济发展的基本依据。规划的原则是：因地制宜、突出重点、平战结合、分期实施。规划应依据已有的防洪规划进行，根据已有工程设施情况、洪水调度原则等对区内避洪（撤退）设施建设、通信预警系统建设与撤离设施建设、工程管理等作出规划。避洪与撤离设施建设，应密切结合居民住房建设及乡村公共设施建设等统筹安排。规划标准应与当地经济发展水平相适应，并确保居民生命财产安全。

蓄滞洪区土地开发利用和各项经济建设要符合防洪要求，并保持蓄洪能力，减少洪灾损失：①蓄滞洪区运用的几率特点，调整产业结构，种植耐水作物；②严禁在分洪口附近和洪水主流区内修建或设置有碍行洪的各种建筑物，堆放弃土及种植阻水的高秆作物，已有的要限期清除；③严禁在蓄滞洪区内发展污染严重的企业和生产，储存危险品；④在蓄滞洪区内建设油田、铁路、公路、矿山、电厂、通信设施及光缆、管道等非防洪工程项目，应当编制洪水黜响评价报告，并提出自保防御措施。

①蓄滞洪区要根据流域或区域防洪规划，制定洪水调度运用方案，包括蓄滞洪区运用标准、运用措施及调度权限。洪水调度运用方案须按照国务院规定的权限报请省（自治区、直辖市）级以上政府批准。②建设洪水预报与预警系统。洪水预报包括预报洪水仕、洪水量、分洪时间和允许撤离的时限等。预警是指利用广播、电视、电话、报警器、汽笛、锣鼓、火把等方式，将信息传播到需要分洪的整个地区，包括与外界隔绝的孤立地区。通信颅警系统在任何情况下都要畅通无阻，并应建设有线与无线两套系统。③按照国务院批准的和省级政府制定的防御大洪水方案的程序，由防汛指挥部门统一发布分蓄拱警报。分蓄洪指令一旦发出，所在地县级政府要立即组织实施，强制执行，任何单位和个人不得阻拦、拖延。

1988年中国国务院批转了水利部《关于蓄滞洪区安全与建设指导纲要》（国发[1988]74号），对合理和有效地运用蓄滞洪区，指导区内居民的生活和经济建设，适应防洪要求等作了原则规定。2000年国务院发布了《蓄滞洪区运用补偿暂行办法》（中华人民共和国国务院令第286号），对因蓄滞洪水遭受损失进行合理补偿的对象、范围、标准和补偿程序等作了明确规定。2009年国务院批复了《全国蓄滞洪区建设与管理规划》，《规划》的批复对指导今后一个时期内蓄滞洪区建设与管理工作，着力解决流域整体防洪安全、蓄滞洪区内民生问题具有十分重要的意义。