原本担任
仁蚌巴手下官员的辛厦巴才丹多杰起兵造反，先后占据了香、 八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年以后，辛厦巴的势力范围几乎囊括了整个西藏，他因此自称为“藏巴加波”(“藏 ”即今
日喀则一带；“加波”则是国王的意思 )。这也是西藏历史上“藏巴政权”的开端，首都在三竹节（喀则）
辛厦巴的第四任后继者彭措南嘉攻灭了也是位于西藏的阿里王国，并将四周的各个小国予以占领。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信西藏佛教中的
噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打
不丹，给噶举四大支中的噶玛巴封上“卫藏之主”的印信，但却仇视新兴的
格鲁派。1617年，喀尔喀蒙古卫地信仰格鲁派的信徒，曾经组成联军企图攻打藏巴国王。次年，噶玛巴派了万余人前来救援，打败了由
色拉寺僧兵与其他格鲁派施主所组成的联军，占领色拉寺和
哲蚌寺，杀死几百名僧俗人，其余的格鲁派僧侣只好被迫逃亡北方。
格鲁派军队与由
五世达赖喇嘛的管家所引来的蒙古军队一同联合作战，而在拉萨附近一举击败了藏巴国王的军队。藏巴国王的军队退守
药王山，后来经由
班禅仁波齐的从中调解，藏巴国王才允许哲蚌寺和色拉寺的僧人返回寺院，同时改正被强制改信噶举派的各个格鲁派寺院。然而，藏巴国王并不甘心，此后仍基本上继续执行仇视格鲁派的政策。在这种情况下，格鲁派不甘坐以待毙，遂于1642年派人从新疆引来蒙古军队攻灭了藏巴王朝，杀死了最后一代国王噶玛丹均，建立了
甘丹颇章政权。