2006年度
教育部工程研究中心建设项目立项的通知（教技函[2006]30号），南京大学以刘建宁教授为负责人的“蛋白质与多肽新药”两个教育部工程研究中心正式获得批准立项建设。
研究中心主要建设目标是解决蛋白质与多肽制药产业工业化的问题，包括工艺的工业化、设计建设生产基地和设施、新药的研究与申报，提高工艺技术水平，增加创新产品，培养研发与生产通用型人才，促进研究成果向工业化的转化等。
工程研究中心的建设能够摸索出一条为企业定做产品、工艺、人才及管理的产学研相结合的新路，以达到高效高速出产品，出工艺，出人才，出产业的目的，并以此支持全国蛋白质与多肽制药行业的发展，提升整个行业的水平，引领蛋白质与多肽制药行业的方向。