剧的主人公是生活在大都市的少女钟小印。她活泼、美丽、善良，大学毕业后得到一份可心的工作，本来可以幸福快乐地生活，但是一场突来的病魔侵袭了与她相依为命的妈妈，她的生活由此发生了翻天覆地的变化。为了救治妈妈，钟小印将自己抵工到酒店，从清高傲慢的富家子弟蓝冬晨那里借支了治疗费用。没有想到的是，通过工作中的接触与碰撞，她与蓝冬晨竟擦亮了爱的火花。可是，事情的发展并非像人们想像与期待的那样，他们两个人并没有顺顺利利地走到一起。
首先，爱着钟小印的还有另一个男主人公吕辛，他与蓝冬晨有着同样令人艳羡的家庭背景，也具有纯真善良的秉性，他无微不至和无处不在的爱情像熊熊烈火一样，烧向钟小印，令钟小印无法抗拒、但又不得不抗拒。接下来，钟小印发现了一件伤心欲绝的事：她妈妈的病具有很强的遗传性，她也不可避免地患上绝症。而当她得知这一不幸的消息时，爱情之神刚刚搭上她的肩膀。去与留、逃避与面对、继续与放弃成为她有生以来最艰难的抉择。生活就像一个顽皮的孩子，不经意间还跟钟小印开了一个她承受不起的玩笑。当得知妈妈时日不多后，钟小印想在妈妈生命之烛熄灭前，帮妈妈找到从未曾谋面的爸爸。历经百般辗转后，钟小印居然发现，妈妈一直爱的人竟是蓝冬晨的爸爸。
上一代人凄美的爱情也由此被揭开神秘的面纱。原来，蓝冬晨的爸爸、蓝冬晨的妈妈、吕辛的妈妈是自小的好友。两个女人在当年无可救药地爱着蓝冬晨的爸爸，可是蓝父却义无返顾地爱上另一女子，也就是后来成为钟小印妈妈的女人。随着钟小印妈妈的过世，蓝冬晨与吕辛在拯救钟小印的生命上展开了一场没有硝烟的战争。到底谁在最后赢得了伊人芳心、钟小印是否也像母亲一样会英华早逝……经过无数次回肠荡气之后，这一切将于剧集的最后一刻揭开谜底。
《蝴蝶飞飞》是一部浪漫凄美的电视剧，浪漫感人的故事情节、 漂亮唯美的画面，伴随着旋律优美的音乐，令人沉浸在凄美忧伤的故事当中。再加上杨雪和
佟大为情真意切的演出，更是为该剧锦上添花。有人说《蝴蝶飞飞》是《流星花园》与《蓝色生死恋》的完美结合体。《流星花园》里的贵族气派、时尚动感、《蓝色生死恋》里的浪漫跌宕、唯美凄美，都被《蝴蝶飞飞》用更为精致、更为动人的细节一一诠释，既出乎意料又在情理之中的情节、细节，让这部电视剧成为抓住观众心理的利器。（新浪网评）
在充分彰显了剧中人物时尚气息的同时，《蝴蝶飞飞》把韩剧中贯用的美食、美衣、美少女这几大要素用了个遍，而且男主角最后那句台词：“每一天，每时，每刻，每分，每秒，我都在想着和你在一起的点点滴滴，你没可能会离我而去，在任何世界里，只要有你在就一定会有我，钟小印和蓝冬晨是永远无法分割的两个名字”，更堪称是琼瑶加韩式表白的双倍酸。（新浪网评）