台当局“行政院国家科学委员会”，于1959年成立，位于
台北市大安区和平东路二段106号。为
台湾地区“
行政院”辖属的机构，是
台湾当局推动
科学技术发展的专责机构。2010年2月3日修正《“行政院”组织法》，自2012年元旦起该会和原子能委员会合并升格为“科技部”，原原子能委员会将改组为该部核能安全署。
历任首长
主任委员
陈履安（1984年6月1日 - 1988年7月22日）
夏汉民（1988年7月22日 - 1993年2月27日）
郭南宏（1993年2月27日 - 1996年6月10日）
刘兆玄（1996年6月10日 - 1998年2月5日）
黄镇台（1998年2月5日 - 2000年5月20日）
翁政义（2000年5月20日 - 2001年3月7日）
魏哲和（2001年3月7日 - 2004年5月20日）
吴茂昆（2004年5月20日 - 2006年1月25日）
陈建仁（2006年1月25日 - 2008年5月19日）
李罗权（2008年5月20日 - 2012年1月31日）
朱敬一（2012年1月31日起-）
副主任委员
阎振兴（1967年8月 - 1970年8月）
蒋彦士（1967年8月 - 1970年8月）
钟皎光（1969年7月 - 1971年4月）
张明哲（1970年8月 - 1975年9月）
张去疑（1975年9月 - 1983年5月）
何宜慈（1979年5月 - 1987年5月）
王纪五（1982年7月 - 1987年5月）
王松茂（1983年5月 - 1984年8月）
刘兆玄（1984年9月 - 1987年8月）
王松茂（1987年6月4日 - 1993年3月）
邓启福（1987年6月4日 - 1990年9月1日）
朱炎（1992年7月1日 - 1993年3月6日）
胡锦标（1990年9月6日 - 1996年6月10日）
谢克昌（1993年4月13日 - 1996年6月28日）
谢长宏（1993年3月6日 - 1996年6月28日）
蔡清彦（1996年6月17日 - 2000年5月20日）
薛香川（1996年7月23日 - 2001年5月19日）
张进福（1996年6月28日 - 2000年5月20日）
谢清志（2000年5月20日 - 2006年5月24日）
吴茂昆（2000年6月7日 - 2002年3月1日）
黄文雄（2001年6月14日 - 2004年5月19日）
陈建仁（2002年4月1日 - 2003年5月17日）
廖俊臣（2003年7月1日 - 2006年1月25日）
纪国钟（2004年5月20日 - 2006年9月12日）
戴谦（2006年7月12日 - 2007年7月31日）
杨弘敦（2006年3月24日 - 2008年5月19日）
吴政忠（2006年11月10日 - 2008年5月19日）
黄文雄（2007年8月1日 - 2008年5月19日）
张文昌（2008年5月20日 - 2011年4月30日）
陈力俊（2008年5月20日 - 2010年1月31日）
陈正宏（2008年5月20日 - 现任）
周景扬（2010年1月31日 - 现任）
张清风（2010年1月31日 - 现任）
组织体系
“行政院国家科学委员会”设有主任委员1人，副主任委员3人，12个处、室等内部单位，以及3个附属机构。
行政部门
自然科学发展处
工程技术发展处
生物科学发展处
人文及社会科学发展处
科学教育发展处
国际合作处
综合业务处
企划考核处
秘书室
人事室
政风室
会计室
法规委员会
资讯小组
科学园区协调小组
“国会联络组”
所属机关
科学工业园区管理局
中部科学工业园区管理局
南部科学工业园区管理局
管理机关
“财团法人国家实验研究院”：
纳米元件实验室
实验动物中心
地震工程研究中心
太空中心
高速网络与计算中心
芯片系统设计中心
仪器科技研究中心
科技政策研究与资讯中心
灾害防救科技中心
台湾海洋科技研究中心
台风洪水研究中心
科技部组织规划
根据“科技部”组织法草案及相关组织法草案（“立法院”审查中）和组织改造小组的建议拟设：
业务及内部单位（司、处、会）：综合规划、自然科学及永续研究发展、生命科学研究发展、人文及社会科学研究发展、科技发展及国际合作、前瞻及应用科技、产业及园区业务司。人事、政风、主计、秘书、资讯处。法规会。
所属机关：核能安全署→辐射侦测分署。北部、中部、南部科学工业园区管理局→中兴新村高等研究园区。（另拟将核能研究所纳入）
行政法人：灾害防救科技中心。
财团法人：实验研究所、同步辐射研究中心等。