表现型方差（Vp）是用于表示群体中某一性状的变异程度，是讨论数量遗传的一个重要基础。

生物群体的变异包括表现型变异和遗传性变异，数量性状的遗传变异是由群体内各个个体间遗传组成的差异和基因型与环境互作所产生的，如果基因的表达不因环境的不同而异，个体的表现型值（phenotypic value，以P表示）是基因型值（genotypic value，以G表示）和非遗传的随机误差（random error，以表示，称为机误）的总合，而在数理统计中，通常采用方差的形式度量某个性状的变异程度。

表现型方差是表现型值的方差，它由基因型方差（Vg）、机误方差（Ve）和基因-环境互作方差（Vge）组成：

Vp=Vg+Ve+Vge

从表现型方差的波动中，可以看出群体某个性状的频率分布与波动情况，并且是进行数量遗传分析的基础，是进行遗传效应及其方差和协方差分析的重要参量。