袁铭辉于1996年10月至1999年8月出任副经济司（后改称经济局副局长）；1999年8月至2002年10月出任香港行政长官私人秘书；2003年3月至10月出任香港行政长官办公室副主任；2003年12月至2006年7月出任保险业监理专员；2007年1月至6月出任
卫生福利及食物局副秘书长。2007年7月起，他出任香港海关关长。
依照中华人民共和国香港特别行政区基本法的有关规定，根据中华人民共和国香港特别行政区行政长官曾荫权的提名和建议，国务院2011年8月26日决定：任命张云正为海关关长，免去袁铭辉的海关关长职务。