这种分类法和传统的依照形态分类不同，是主要依照植物的三个基因组
DNA的顺序，以亲缘分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据
分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到
双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。
在
科一级的分类时，这种分类法因为将一些传统的科分为几个科，或将几个传统的科合并，引起了很大的争议。在目以上的分类时，这种分类法没有使用传统的分类名称：门和纲，而是使用“分支”，例如单子叶植物分支、
真双子叶植物分支、蔷薇分支、
菊分支等。
2003年这种分类法出版了修订版：《被子植物APG II分类法 (修订版)》。
被子植物APG III分类法是
被子植物种系发生学组（APG）继1998年APG I及2003年APG II之后，花了6年半修定的被子植物分类法，于2009年10月正式在
林奈学会植物学报发表。