1592年，郑松攻打昇龙城。莫茂洽弃城而走，逃到了菩提津，居于土块馆，留将佐防守昇龙。裴文奎与陈百年等领四卫兵据守椰桥门，后不敌黎军，与陈百年一起逃走。后莫茂洽贪图裴文奎妻子阮氏年美色，想杀死裴文奎夺取其妻，裴文奎察觉率本部兵，逃回长安嘉远，拥兵不出。莫茂洽多次召见都不离开长安嘉远，遂派兵攻打裴文奎。十月，裴文奎一边抵挡莫军，一边派其子前往清华表示归降后黎朝并请求援兵。郑松派黄廷爱前去支援，后郑松在长安亲自面见裴文奎并慰劳。十一月四日，莫茂洽逃奔海阳金城县，郑松领兵攻打金城县。裴文奎与阮七里、陈百年率战船三百只攻，破金城县，擒获莫太后。后莫朝雄礼公
莫敬止率部在至灵县自立为帝，据守青林一带，改元宝定。莫朝宗室莫敬敷、莫敬诚、莫敬慎等纷纷归附，据守海阳、高平一带，兵力号称七万人。莫茂洽之子莫全由于人心不服，也投奔莫敬止。郑松派阮七里、裴文奎、陈百年、阮峨等人前往讨伐，被莫敬止击败。
1597年，十一月二十日，
郑松命裴文奎与阮沔、潘彦领水兵五十艘往海阳，攻破伪党，后裴文奎因功升少保并被赐金十斤。