《西南医科大学学报》由四川省教育厅主管、西南医科大学主办，经国家新闻出版广电总局批准向国内外公开发行的综合性医学学术期刊。

1973年，学报是前身《泸医资料》创办，不定期出版。

1973~1977年间，共出刊15期。

1978年，正式创办《泸州医学院学报》，内部发行，季刊。

1978~1984年，共出31期。

1984年，学报首批进入CUJA。

1985年起，被批准公开发行。

1986年，获国际标准连续出版物编号。

1988年，改为双月刊。

1989年，进入《中国科技论文统计与分析》数据库。

1992年，获国际CODEN代码：LYIXEU。

1999年，被《中国期刊网》、中国学术期刊（光盘版）全文收录，被选为《中国学术期刊综合评价数据库》来源期刊。

2007年，被中国核心期刊（遴选）数据库全文收录。

2014年12月，正式入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2016年，加入“中国知网”学术期刊优先数字出版平台，超星公司学术期刊“域出版”平台。同年7月，经西南医科国家新闻出版广电总局大学学报编委会批准更名为《西南医科大学学报》。

《西南医科大学学报》主要刊载基础医学、实验研究、中医与中西医结合、临床医学、技术方法、药学研究、综述与讲座、护理医学、病案报告等文稿。主要栏目设有：基础医学研究、临床医学研究、护理学、综述与讲座。

2016年9月，《西南医科大学学报》召开第一届编辑委员会成立大会，出席会议的有西南医科大学校内外编委代表46名。

据2018年11月学报官网显示，《西南医科大学学报》全国共有机构用户3080个，包括北京大学、清华大学、国家图书馆、外交部等，国际读者分布在12个国家和地区，包括哈佛大学、耶鲁大学、牛津大学等。

据2018年12月6日中国知网显示，《西南医科大学学报》共出版文献9256篇。

据2018年12月6日万方数据知识服务平台显示，《西南医科大学学报》共载文4505篇，基金论文691篇。

《西南医科大学学报》被《中国科技论文统计与分析》数据库、中国学术期刊（光盘版）、中国学术期刊综合评价数据库、科技部西南信息中心中文科技期刊数据库、万方数据——数字化期刊群、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库、生命科学图书馆数据库、中国核心期刊（遴选）数据库等收录。

据2018年12月6日中国知网显示，《西南医科大学学报》总被下载410766次、总被引12844次、（2018版）复合影响因子为0.386、（2018版）综合影响因子为0.311。

据2018年12月6日万方数据知识服务平台显示，《西南医科大学学报》被引量为7867、下载量为75974；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，该刊影响因子为0.407，在全部统计源期刊（6735种）中排第3439名，在大学学报（医药卫生）（114种）中排第108名。

1989年，获全国高等医药院校学报质量评比优秀编辑奖。

1990年，获省首届科技刊物质量评比优秀栏目奖，1992年，获省教委高校优秀学报三等奖。

1993年，获《全国高校学报质量评比》三等奖，《四川省首届优秀期刊评选》编辑加工奖。

2010年、2014年及2016年，被评为“四川省高校优秀科技期刊”。

2016年，被评为“中国高校优秀科技期刊”。

《西南医科大学学报》以是学术性、实践性、规范化为特点，开展中国国内外学术交流，促进医药卫生事业的发展。