《西南国防医药》创刊于1973年，是由成都军区联勤部卫生部主管，成都军区医学科学技术委员会主办的医药卫生科技类期刊。

1973年，《资料汇编》创刊，该刊为不定期刊物。

1979年，该刊更名为《医学资料汇编》，刊期改为季刊。

1985年，原昆明军区与成都军区合并后，该刊改名为《西南部队医药》，刊期为季刊。

1991年，经中国人民解放军总政治部和中国国家新闻出版署审查批准该刊更名为《西南国防医药》，并以双月刊在中国国内外公开发行。

2000年，该刊经中国国家科技部科技信息研究所审查批准，被收录为中国科技论文统计源期刊，列为中国国家科技核心期刊。

2009年1月，该刊经中国人民解放军总政治部和中国国家新闻出版批准，刊期改为单月刊。

2014年12月，《西南国防医药》入选中国原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2015年，《西南国防医药》杂志开通微信平台。

该刊辟有专家论坛、论著、临床研究、高原医学、中医·中西医结合、护理园地、医院管理、卫勤研究、基层卫生、综述·讲座等栏目。

1973年创刊时：该刊刊载内容以医学临床专题讲座、综述为主。

1979年改版后：该刊刊载内容主要以科研课题论文、临床研究论文为主。

该刊以各类医务人员为主要读者对象。

据2020年第2期期刊内页显示，《西南国防医药》编辑部有责任编辑1人，英文编辑1人，责任校对1人。

据2020年4月6日中国知网显示，《西南国防医药》共出版文献量14335篇。

据2020年4月6日万方数据知识服务平台显示，《西南国防医药》共载文11540篇，基金论文量为1345篇。

该刊被美国《化学文摘》（CA）、波兰哥白尼索引、英国国际农业与生物科学研究中心、《中国科技论文统计源期刊》、中国学术期刊综合评价数据库、《中国学术期刊（光盘版）》、《中国核心期刊（遴选）数据库》等收录，是万方期刊网、清华学术光盘版、中文科技期刊数据库全文上网期刊。

据2020年4月6日中国知网显示，《西南国防医药》总被下载次数758859次、总被引次数34088次，（2019版）复合影响因子为0.485、（2019版）综合影响因子为0.438。

据2020年4月6日万方数据知识服务平台显示，《西南国防医药》被引量32558次、下载量352890次；据2017年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《西南国防医药》影响因子为1.13，在全部统计源期刊（6670种）中排第1155名。

该刊连续五次获得军队优秀医学期刊奖。

该刊以传递医学科技信息、加强学术交流、促进医学科学技术发展为宗旨。

该刊集学术性、技术性及实用性为一体，具有军事医学和高原及亚热带疾病防治等特色。

1.投稿须按专业科技论文要求和规范格式撰写，应具有科学性、先进性、真实性和逻辑性。综述和技术研究等理论性文稿应具有临床或实验指导意义。

2.文稿应选题明确，重点突出，层次清晰，数据可靠，内容精炼和文字通顺。文题要确切简明，不超过20字。实验研究性论著文稿应设计合理，方法可靠，统计准确，结论明确。各类文稿限定字数均包括其图表照片和参考文献所占有的字数。作者署名不超过8名，并附第一作者个人资料，包括姓名性别、年龄、学历职称、主要研究方向等内容。

3.投稿一式两份，凡投该刊文稿在正文前附200~300字中文摘要和3~5个关键词;。论著文稿同时加相应英文摘要，并附英文文题、作者单位、姓名及关键词。

4.投稿应避免文 、图、表重复叙述。表格使用“三线表”。统计学符号及外文应按规定正确使用大、小写和斜体，并注意上下角标、英文、希腊文及罗马文。

5.投稿中的各种计量单位、符号须按中国国家法定计量单位及规定的符号使用，避免使用汉字。

6.参考文献引用应标准。