应用化学研究所前身是成立于1988年的西南师范大学应用化学研究中心，1992年中心更名为西南师范大学应用化学研究所，2005年又更名为西南大学应用化学

应用化学研究所现任所长是化学化工学院教授、博士生导师傅相锴。

该所前身是成立于1988年的西南师范大学应用化学研究中心，

其应用化学重点学科顺利通过了2004年的中期评估和2005年重庆市的重点学科验收。应用化学重点实验室也顺利通过了2004年重庆市重点实验室评估。

应用化学研究所在注重学术水平的同时紧密联系重庆地方经济发展，注重与生产应用相结合【1】。

到2015年已有：精细有机合成及有机催化，绿色化学工艺和工程的开发等【2】。

有：不对称合成、药物合成、生物活性多肽药物合成及开发，功能材料，农副产品加工及中草药有效成分的提取等包括在内5个研究方向【2】。

在我国西部乃至全国均具有一定的特色和优势。5年来，应用化学研究所承担了80余项国家级、省部级和横向课题，在国内外发表400多篇论文，其中80余篇为SCI或EI或ISTP收录，申请发明专利17项，授权专利5项。部分应用研究项目侧重解决经济、社会发展中的生态、能源、环保等关键技术问题，有利于推动应用化学相关领域和行业的科技进步【2】。

应用化学研究所现有教授8人，其中博士生导师3人，副教授8人，14人具有博士学位，在读博士生3人【2】。