玉米育种、栽培研究始于建校初（1953），由王碧霞、何衡平教授主持，50年代主要开展优良地方品种的评选工作，60年代从事综合种的选育，70年代以来，则主要进行玉米自交系和单交种的选育。1990年，成立了玉米研究室，由留美归国人员蔡一林教授任主任。2000年，成立了玉米研究所，博士研究生导师蔡一林教授任所长。研究所现有研究人员25名，其中正高1名，副高2名，中级4名，初级2名，技工4名，博士研究生4名，硕士研究生8名。研究所现有试验地50亩，温室1亩，晒坝700M2，考种室200 M2，实验室200 M2，办公室100 M2，以及公用的作物品质改良重点实验室，拥有进行常规育种、分子育种及各种理论研究的仪器设备。
1953年以来，从玉米课题组到玉米研究所，先后承担了国家、省、市玉米新品种选育、育种理论与方法及新品种推广等课题20多项，培育出合玉1号、合玉2号综合种，西农单交1号、西农单交2号、
西农单交3号、成单28等单交种，095、082等优良自交系，获重庆市科技进步奖二等奖1项、四川省农作物育种攻关三等奖2项，全国新技术新产品展销会新技术金奖1项，在作物学报、生物数学学报、核农学报、植物营养与肥料学报、
西南农业大学学报、西南师范大学学报等核心期刊上发表玉米研究论文50多篇，出版玉米高产栽培、玉米良种与栽培等2部书籍。研究所现承担有重庆市“十一五”水稻玉米良种创新重大科技专项项目：杂交玉米育种新技术与新方法研究，杂交玉米育种新材料创制，大穗型耐瘠高产多抗优质玉米新品种选育；重庆市
自然科学基金项目：玉米蛋白质与油分的条件QTL定位研究。此外，研究所与中国农科院合作开展中国地方资源多态性研究，与贵州省农科院合作进行O2和O6基因的聚合研究。