1978年10月，西南民族学院民族研究所在原民族研究室的基础上正式成立，其后又陆续建立了民族文化史教研室、民族高等教育教研室、民族经济教研室、中国西部大开发研究所等研究机构，四川省少数民族语言文学研究所、四川省民族经济研究所也先后在我校挂牌。
2002年5月28日，以原民族研究所及各研究机构为主体，正式成立了西南民族研究院，由时任西南民族学院院长陈玉屏兼任院长。其主要目的是配合
西部大开发战略的实施，以研究院为中心、院内力量为核心，整合学校的民族学科力量，加强与院外的联系与合作，形成内合外联的灵活机制，突出我校的学科特色和优势，提高我校民族学科的研究能力和水平，最终形成涵盖一级学科、有一定广度并突出强项的特色优势学科。
西南民族研究院设有西南民族研究所、中国西部人类学研究中心、民族古籍整理办公室、西部大开发研究所等校级研究机构。四川省少数民族经济研究所、四川省少数民族语言文学研究所两个省级研究机构也设在我院。还有在海内外有很大影响的藏学文献中心和国内最大规模的彝学文献中心。
西南民族研究院现有教职工29人，其中，教授（研究员）15人，副教授（副研究员）4人；博士10人（其中在读6人），硕士8人；享受国务院津贴专家2人；四川省学术技术带头人2人，四川省学术技术带头人后备人选1人。
西南民族研究院设有民族学、马克思民族理论与政策、中国少数民族经济、中国少数民族史、宗教学5个学科。其中，民族学是国家民委重点学科；民族理论与民族政策和宗教学是四川省重点建设学科（硕士层次）。
西南民族研究院是以科研为主，教学为辅的单位。主要从事科研、研究生教学、本科生公共科教学等工作。其基本任务主要包括：积极争取科研课题，出高质量科研成果；加强学科建设，把民族学等特色学科建设成为重点学科；为民族地区经济、文化和社会发展服务；积极增设硕士点和博士点，争取一级学科授权；努力提高研究生培养质量，扩大研究生规模；承担民族理论与政策公共课教学；组织开展国内外学术交流活动。
西南民族研究院以“两地一族”（康区、大凉山地区，羌族）为主要研究对象，兼顾西南各民族及西部民族地区。在基础研究方面，具有一定优势的民族语言文字、民族历史、民族传统文化、民族经济、民族理论与民族政策、
民族宗教等是长期稳定的研究方向；在应用研究方面，结合西部大开发的实施，重点搞好政府决策研究、民族文化传承和开发利用研究、民族地区经济发展研究等，是研究的特色和重点。
截至2007年6月，西南民族研究院5年来共承担了国家社科基金项目10项，省部级项目21项，联合国社会性别研究与宣传基金项目1项，福特基金资助项目2项，亚洲学者基金项目1项，厅局级及横向课题数十项；发表学术论文200多篇，出版学术著作40部；获省部级以上科研成果奖励14项；举办国际性和全国性学术会议6次。
西南民族研究院有民族学（1995年开始招生）、马克思民族理论与政策（2000年开始招生）、中国少数民族经济（2002年开始招生）、中国少数民族史（2004年开始招生）、宗教学（1987年开始招生）5硕士点；并且有民族学（2004年开始招生）、中国少数民族经济（2007年开始招生）2个博士点。2002年至2007年，西南民族研究院共招收硕士生185人、博士生32人；有硕士生52人、博士生2人毕业。