西南药业股份有限公司成立于1992年5月，是中国化学医药重点企业、全国麻醉药品定点生产厂家，有员工人数1400余人，各类专业技术人员338人，公司占地11.7万平方米，资产总额4.07亿元，有主要生产检测设备1120余台（套），主要生产片剂、水针剂、粉针剂、输液剂、冻干剂、酊水剂及麻醉品。

建国前，系国民党中央制药厂和中央卫生署麻醉药品经理处；1950年3月，西南军政委员会卫生部正式批准成立重庆制药厂，后改名为西南制药三厂。

1992年3月，在全国医药行业中，率先进行股份制试点，5月13日定名为“西南药业股份有限公司”，经重庆市体制改革委员会渝改委（1992）34号文批准，由西南制药三厂于1992年5月进行股份制改造，同年11月9日正式成立。成立时股本为6,561万股，其中国家股4,741万股，法人股100万股，个人股1,720万股。

1993年7月12日，公司股票在上海证券交易所挂牌上市，为我国第二家医药上市企业。

2014年8月，西南医药拟置换出现有预估值4.27亿元医药资产，以定向增发等方式注入哈尔滨奥瑞德光电股份有限公司（奥瑞德光电）100%股权。

2015年7月17日，“借壳”事宜完成，西南药业正式退出A股。

2024年10月22日，太极集团晚间公告，公司控股子公司——西南药业股份有限公司收到国家药品监督管理局有关《药品注册证书》，其申报的“盐酸羟考酮缓释片（注册分类：化学药品4类；规格：10mg）”经审查，符合药品注册的有关要求，批准注册，发给药品注册证书；同时，西南药业申报的“注射用青霉素钠（规格：0.48g、0.96g、2.4g）”亦收到国家药监局《药品补充申请批准通知书》，通过仿制药质量和疗效一致性评价。

经营范围包括一般项目：生产、销售（限本企业自产产品）片剂（含青霉素类、头孢菌素类、激素类）、胶囊剂（含青霉素类、头孢菌素类）、颗粒剂、粉针剂（青霉素类、头孢菌素类）、冻干粉针剂、大容量注射剂（多层共挤输液袋、玻璃输液瓶）、小容量注射剂（含激素类、抗肿瘤类）、口服溶液剂、糖浆剂、酊剂、软胶囊剂、滴丸剂（含外用）、原料药、麻醉药品、精神药品、药品类易制毒化学品、溶液剂、流浸膏剂、保健食品，销售化工原料（不含危险化学品）、包装材料，货物及技术进出口。（除依法须经批准的项目外，凭营业执照依法自主开展经营活动）

1965年9月，拓荒的第一代合药人来到中国西部最美丽的城市----重庆。从此，揭开了合药人首次创业、建设、发展的华章。2003年7月，锐意改革的方正人来到了合药，在重庆市政府的大力支持下，成功实现了方正集团重组合药的历史性变革，开始了艰苦卓绝的二次创业。 在“方方正正做人，实实在在做事”的方正文化指引下，在方正集团“统一财务，统一投资管理，统一人事，统一品牌管理，统一内控”的集团企业管理要求下，新合药人有信心，并且有能力通过自身的努力，将合药建设成为结构合理，技术质量先进，环保达标，化学药、生物药、植物药协调发展的高科技企业集团。

“创中国药业的世界品牌，为民族争光，为人类健康作贡献，全面协助客户、企业和员工实现成功体验”是新合药的企业宗旨；“以纵向一体化为主，以化学合成药物的研究、开发、生产和出口为主”是新合药的企业发展战略；“诚信”与“创新”是新合药的企业核心价值观。

提倡开放、平等的精神，尊重、鼓励并激发员工的自主性和创新活力；追求产品和服务创新、技术创新、管理创新，通过创新产生高附加值的产品与服务。

江泽民同志指出，“创新是一个民族的灵魂，是一个国家兴旺发达的不竭动力，也是一个政党永葆生机的源泉。”对于方正这样的高科技企业，创新更是我们不断发展壮大的根本动力和保证。除了技术创新外，我们还要追求产品和服务创新、管理创新、营销创新。

1、公司曾获得“中国医药工业50强”、

2、“全国医药行业优秀企业”称号，

3、并连续十二年被评为重庆工业企业50强

4、荣获“全国环境优美工厂”称号。

5、中国第一个控释片——氨茶碱控释片

6、逾50年麻醉药品生产管理经验——麻醉药品定点厂；

7、中国第一个三阶梯推荐用药——盐酸吗啡控释片；

8、中国第一个GMP样板车间(1984)。

9、2019年12月13日，2019重庆企业100强名单发布，西南药业股份有限公司排名第83位。

10、2023年8月，荣获重庆市企业创新奖。

2020年12月，经重庆市食品药品检验检测研究院检验，标示为西南药业股份有限责任公司生产的青霉素V钾片（批号180605）检查（有关物质）不符合规定。