西沙东岛海域国家级水产种质资源保护区总面积30870公顷，其中核心区面积为11113公顷， 实验区面积19757公顷，核心区特别保护期为全年。保护区位于海南省西沙群岛海域中东岛周围的礁盘区，核心区位于东岛以外，是由4个拐点顺序连线围成的海域，拐点坐标分别为（112°42′E，16°42′N；112°45′E，16°42′N；112°42′E，16°39′N；112°45′E，16°39′N）。

实验区是由核心区向外围延伸，4个拐点顺序连线围成的海域，拐点坐标分别为I（112°41′E ，16°43′N；112°46′E，16°43′N；112°41′E ，16°38′N；112°46′E，16°38′N）。主要保护对象是石斑鱼类、鲨鱼类、龙虾类、海参类、海胆类、马蹄螺、篱凤螺、砗磲、冠螺、红珊瑚、鹦鹉螺等热带海珍品种。