明朝自洪武二年（1369）多次派员至西藏地方，广行招谕，设置都司卫所，委官封职，并承元制，在西藏地方实行政教合一，管理地方军政事务。对各教派的僧侣代表人物，授以
国师、
大国师等封号。
洪武六年，封原乌斯藏摄帝师
喃加巴藏卜为炽盛佛宝国师，授以玉印。永乐时进一步完善了僧官制度，设有法王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲等不同等级，先后封授过西天佛子二、灌顶大国师九、灌顶国师十八和禅师、都纲等僧官。
永乐初年，为了进一步加强对西藏地方的管理，派遣太监
侯显（后又续派太监
杨英、袁琦、
杜通、
李宁等多人）和僧人智光等持节入藏，与各地方、各教派领袖人物多方接触，广泛交往，开始了明朝中央直接从藏区遴选领袖人物的新时期。先后封授了三个法王和五个地方之王。 永乐四年（1406），封授
乌斯藏帕木竹巴的吉剌思巴监藏（1374～1432）为灌顶国师阐化王。
帕木竹巴是西藏封教
噶举派中的一支，因创派人为帕木竹巴·多吉杰博（1110～1170）而得名。元时曾获万户府之封援，为十三万户府之一。
大司徒普提幢（1302～1364）时已基本上取萨迦派力量而代之。吉剌思巴监藏为大司徒普提幢之侄孙辈。洪武二十一年受封为灌顶国师。永乐元年（1403）遣使进京入贡。四年，封为灌顶国师
阐化王，赐印并厚赏。这一举措改变了元朝以宣政院掌治释教僧徒及吐蕃之境并专任萨迦一派的做法，开始以王爵封授各教派僧人，因俗而治。
永乐五年，封尚师
哈立麻为万行具足十方最胜圆觉妙智慧普应佑国演教如来大宝法王西天大善自在佛，领天下释教。哈立麻（又作哈尔麻）即噶玛，是
噶举派四大支系之一，开派人都松钦巴（1110～1193）曾在类乌齐地方之噶玛建寺，因而得名。其第五世曲贝藏卜应明廷之召，于永乐元年随使入南京，于灵谷寺为明太祖朱元璋夫妇追荐冥福，成祖赐以如来大宝法王名号，遂改名为得银协巴（即如来）。
明廷把大宝法王誉封给噶玛派是最为隆重的礼遇，噶玛派亦视这一崇封为最高荣誉。同年，朝廷又下诏封馆觉（今西藏贡觉）灌顶国师宗巴斡即南哥巴藏卜为护教王；封灵藏（今四川邓柯）灌顶国师着思巴儿监藏为赞善王。
永乐十一年，明廷为安抚萨迦派，封尚师昆泽思巴为万行圆融妙法最胜真如慧智弘慈广济护国宣教正觉大乘法王、西天上善金刚、普应大光明佛，领天下释教。尚师是藏语对高级僧侣的尊称。昆泽思巴（1349～1425）为元代帝师之后，永乐八年曾应明廷之召入京，成祖优为款待，居三年，乃有大乘法王之封，这是继大宝法王之后的第二位超越地域的教法王爵，位亦尊显。同年，明廷还封萨迦派另一支系的南渴烈思巴为思达藏辅教王。
思达藏地处萨迦之南，为萨迦人封邑。南渴烈思巴（1399～1444） 属萨迦派的都曲喇让支系，为八思巴第五代侄孙，曾受到拉孜俺卜罗等地方首领之尊崇，有一定的社会影响。明代中央在同一年中给予萨迦系统两道王爵的封授，从侧面反映出萨迦人在明代的西藏仍是举足轻重的力量。同年，明廷还封领真巴儿吉监藏为必力工瓦阐教王。领真巴儿吉监藏为必力工派大师却吉杰博（1335～1409）之侄。必力工瓦（今读若“止贡巴”）地处拉萨之东，在今墨竹工卡县境，元代即受万户府之封，势力强大。洪武十八年在此设必力公万户府。
永乐十一年封其僧为阐教王，赐金印诰敕，意在使之与帕竹、萨迦诸派抗衡。 格鲁派是在藏区新起的宗教、社会力量，其领袖人物宗喀巴声名远扬，早已引起明廷的注意，曾于永乐六年、十二年两次遣使征召，宗喀巴因事未能成行。但于永乐十二年遣其上首弟子释迦也失（1352～1435）为代表晋京。次年，明廷封其为妙觉圆通慈慧普应辅国显教灌顶弘善西天佛子大国师。宣德九年（1434）释迦也失再度入朝，宣宗册封为万行妙明真如上胜清静般若弘照普慧辅国显教至善大慈法王、西天正觉如来大圆道佛。宣德十年辞归，卒于途。
至此，明朝已在西藏地方分封了三大法王、五大地方之王，其管理西藏地方所采取的“众封多建”而统驭于中央的政策已基本实现。有明一代三百余年，法王称为游僧，不常厥居；地方王各有封邑，互不统属。咸受命于朝廷。明廷又置驿站，通道往来，以厚赐贡使、任官封爵、茶马互市、利益边民的办法，使西藏地方基本保持安定的政局。