西藏自治区国家税务局，设有办公室、人事处、老干部管理办公室（挂靠人事处）、税政法规处、征收管理处、财务管理处、进出口税收管理处、巡察工作办公室、监察室、机关党委办公室共10个处室。

1960年10月建立西藏自治区筹备委员会财政处税务局；1964年10月改为西藏自治区筹备委员会财粮处税务局；1965年自治区人民政府成立，税务局为自治区财粮厅下属职能机构；1969年9月自治区成立革命委员会，税收工作由革委会下属财贸组统管；1970年8月自治区革命委员会成立财政金融局，下设税务组。1973年10月，恢复设立自治区税务局，隶属自治区革委会财政金融局；1978年2月，成立自治区革委会财政局，自治区税务局隶属财政局；1982年7月，自治区税务局升格为副厅级，隶属自治区财政厅；1986年9月，自治区税务局降格为正县级，隶属自治区财政厅；1992年1月，自治区税务局升格为副厅级，隶属自治区财政厅；1994年，全国进行财税体制改革，根据自治区党委、政府和国家税务总局《关于西藏自治区国家税务局组建实施方案的批复》，同意在西藏自治区只设国家税务局，不设地方税务局，并实行垂直领导；1994年9月西藏自治区国家税务局正式挂牌成立，为正厅级建制。

2018年6月15日，新组建的国家税务总局西藏自治区税务局举行挂牌仪式。西藏自治区党委副书记、自治区政府常务副主席庄严，西藏自治区党委常委、组织部部长曾万明出席挂牌仪式。

设有办公室、人事处、老干部管理办公室（挂靠人事处）、税政法规处、征收管理处、财务管理处、进出口税收管理处、巡视工作办公室、监察室、机关党委办公室共10个处室。

1、办公室：制定局机关和系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责会议组织、秘书事务、文电处理、文书档案、信访、保密、调研、政务信息和外事工作；负责税收宣传工作；制定办公规章制度，负责本系统的行政督查工作；机关财务的管理工作；指导办公自动化工作；办理人大建议、政协提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。

2、政策法规处：进行税政调查研究；研究税制改革和完善税政管理制度的有关问题；拟定税收综合业务的规章制度；负责税收业务的协调和法律事务；对税收法律、法规的执行情况进行监督检查；承担税收法规文件的清理、鉴定及汇编工作；承办重大税收案件的审理和行政处罚、听证工作；办理行政复议、行政诉讼等工作。负责流转税的征收管理和税政业务；贯彻执行流转税法律、法规和规章并对执行情况进行监督检查；调查解决流转税政策执行中出现的问题；拟订有关流转税征收管理的具体实施办法；负责流转税的日常稽核和检查工作。负责企业所得税、个人所得税和储蓄存款利息所得税的管理和税政业务；贯彻执行所得税法律、法规和规章并对执行情况进行监督检查；调查解决所得税政策执行中出现的问题；负责拟订所得税征收管理的具体实施办法；负责组织企业所得税的日常检查；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。负责地方各项税收的管理和税政业务；贯彻执行地方税收法律、法规和规章并对执行情况进行监督检查；拟订有关地方税征收管理的具体实施办法；调查解决地方税政策执行中出现的问题；负责地方税政策的日常检查工作。负责增值税专用发票和增值税纳税申报与纳税评估等管理工作；负责增值税防伪税控推行管理工作;负责增值税专用发票和货运发票、废旧物资收购凭证、海关完税凭证、农副产品收购发票等抵扣凭证的认证、稽核、比对等工作。

3、征收管理处：组织实施综合性税收法律、法规和规章制度；负责税收征管工作的指导；研究制定有关税收管理制度和办法；普通发票管理有关制度的建设；负责税务登记、征管质量考核、纳税申报、税收资料及征管档案管理的指导；负责组织征管软件和除增值税征管以外的税控器具的推广和应用工作；代管注册税务师、税务师事务所的管理工作。

4、财务管理处：负责本系统经费、财务、基本建设、装备和固定资产的管理工作；制定各项管理制度；组织实施内部审计、领导干部离任审计和政府采购工作。编制、分配税收计划，组织并检查税款入库工作；制定税收计划和会计、统计工作制度；对税收数据进行统计和分析；负责税源资料的调查和测算，监控管理重点税源；进行税收能力估算和税收宏观分析。

5、进出口税收管理处：负责进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广和维护工作；配合有关部门组织实施反骗税检查。

6、人事处：研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、调配、劳动工资、专业技术职务等人事管理工作；负责下一级领导班子和领导干部的监督检查及出国政审工作。负责思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责学历教育管理工作；负责税务培训机构和教育经费管理工作。

7、离退休干部管理办公室（副处级，挂靠人事处）。负责本系统离退休干部的管理和服务工作；负责本局机关离退休干部的管理和服务工作。

8、监察室：负责协助区局党组开展党风廉政建设和反腐败工作；负责对本系统税收执法权和行政管理权进行监督和检查；按照区局党组的统一部署，负责党风廉政建设和反腐败工作的组织协调工作；负责对政府采购工作的监督；负责处理群众来信来访和查办案件工作。

9、机关党委办公室（正处级）。负责局机关和直属单位的党务、工会、青年和妇女工作，负责局机关的思想政治工作、精神文明建设和计划生育等工作。

10、巡视工作办公室：负责巡视工作的综合协调、政策研究、制度建设、文件起草、巡视组人员管理、后勤保障；研究、组织、协调全区的巡视工作；承办总局巡视办、区局党组和纪检组交办的其他事项。

设立2个直属机构，级别为正处级。

1、稽查局：负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度计划确定的重点税源企业和税务违法案件的查处、审理和执行工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收案件举报的受理、转办；对下级税收检查情况进行复查、复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。

2、直属税务分局：负责中央驻西藏及自治区级的企业、事业单位、社会团体的各项税收管理工作；负责中央驻西藏及自治区级的企业、事业单位、社会团体与区内外企业共同组建的联营企业、股份制企业的各项税收管理工作；负责西藏自治区驻区外企业的企业所得税征收管理工作；负责上市股份公司的各项税收管理工作；负责在西藏设立的外商投资企业、外国企业和外籍人员的各项税收管理工作；负责西藏自治区国家税务局指定管辖企业的各项税收管理工作。

设置4个事业单位，级别为正处级。

1、信息中心：组织信息系统建设，执行信息系统管理制度和技术标准，建立、管理和维护计算机网络与综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的应用及技术培训工作；负责拉萨市区办税服务厅的管理、税款征收和会统工作；按计划落实各项专项经费的使用。

2、机关服务中心：拟定后勤服务的规章制度及管理办法并组织实施；负责局机关后勤服务的组织管理工作；负责局机关的安全保卫工作；负责区局基本建设和国有资产的管理工作；负责局机关办公物品的采购、保管和分配工作；负责接待工作和各类工作会议的后勤服务工作；负责职工医疗保险工作。

3、票证中心：负责本系统税务登记证、各类发票、税收票证和会计凭证、帐表等的印制、保管、发放和财务管理工作。

4、税收科学研究所：组织、指导、协调全系统的税收科研工作；完成上级下达的调研课题和任务；跟踪经济和税收形势发展变化，及时为领导决策提供科学依据；组织有关税收科研成果的评选和奖励；承担税务学会秘书处的日常工作。

下属设有拉萨市国家税务局，日喀则地区国家税务局，山南地区国家税务局，林芝地区国家税务局，昌都地区国家税务局，那曲地区国家税务局，阿里地区国家税务局等七个全职能局；一个派出机构：拉萨经济技术开发区国家税务局（正县级职能局）。

党委书记、副局长：刘虎

党委副书记、局长：郭顺民

党委委员、副局长：旺堆

党委委员、副局长：雷纪选

党委委员、纪检组长：刘刚

党委委员、副局长：曹杰锋

国家税务总局西藏自治区税务局的主要职责是：

（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。

（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，研究制定具体实施办法。组织落实国家规定的税收优惠政策。

（三）负责研究拟定本系统税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划，参与拟定税收、社会保险费和有关非税收入预算目标并依法组织实施。负责本系统税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。

（四）负责开展税收经济分析和税收政策效应分析，为国家税务总局和自治区党委、政府提供参考。

（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。

（六）负责组织实施本系统税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。

（七）负责所辖区域内国际税收和进出口税收管理工作，组织反避税调查和出口退税事项办理。

（八）负责组织实施所辖区域内税务稽查和社会保险费、有关非税收入检查工作。

（九）负责增值税专用发票、普通发票和其他各类发票管理。负责税收、社会保险费和有关非税收入票证管理。

（十）负责组织实施本系统各项税收、社会保险费和有关非税收入征管信息化建设和数据治理工作。

（十一）负责本系统内部控制机制建设工作，开展对本系统贯彻执行党中央、国务院重大决策及上级工作部署情况的督查督办，组织实施税收执法督察。

（十二）负责本系统基层建设和干部队伍建设工作，加强领导班子和后备干部队伍建设，承担税务人才培养和干部教育培训工作。负责本系统绩效管理和干部考核工作。

（十三）负责本系统机构、编制、经费和资产管理工作。

（十四）完成国家税务总局和自治区党委、政府交办的其他工作。

（一）贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，并结合西藏实际情况，研究制定具体的税收政策和实施办法。

（二）根据本地经济发展规划，研究制定本系统税收发展规划和年度工作计划并组织实施。

（三）根据经济税源和国家税务总局、西藏自治区人民政府下达的税收计划，编制、分配和下达本系统税收收入计划并组织实施。

（四）负责本地中央税、中央地方共享税、地方各税种的征收管理和稽查工作；负责增值税专用发票、普通发票和其他税收票证的管理工作。

（五）负责监督检查本系统的税收执法情况；负责税务行政处罚听证、行政复议和诉讼工作。

（六）负责本地进出口税收和涉外税收的管理工作。

（七）负责本系统的税收会计、统计工作。

（八）负责本系统经费、财务、基本建设和资产管理工作，负责审计和政府采购工作。

（九）负责本系统机构、编制和人事管理工作。

（十）负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设，负责教育培训管理工作。

（十一）负责本系统的纪检、监察工作。

（十二）负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。

（十三）研究税收理论和税收政策，分析税收信息，掌握税收动态。组织税法宣传工作。

（十四）承办国家税务总局和西藏自治区党委、政府交办的其他工作。

2017年11月，西藏自治区国家税务局获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。