自治区第二人民医院始建于1963年5月，前身是自治区第一工人医院， 1988年9月10日正式更名为西藏自治区第二人民医院，1996年8月由罗布林卡南路整体搬迁到金珠中路119号。50多年来经过一代代“二医院”人的砥砺奋进，从小到大、从无到有，现院址占地面积为50927平方米，总建筑面积26958.7平方米，医疗用房面积12497.65平方米，精神卫生中心建筑面积4249.82平方米，周转房建筑面积5625.67平方米，经营性用房建筑面积2950.98平方米，其他用房1634.58平方米。医院已发展成为集医、教、研、预防、保健、康复、急救为一体的现代化三级乙等综合医院。

全院核定编制职工数为324名，现有在岗职工为308名，其中在职专业技术人员280名，占全院人数的90%，主任医师6名，占全院人数的1.9%；副主任医师33名；中级职称人员89名，占全院人数的28.8%；初级以下人员191名，占全院人数的62%；享受国务院特殊津贴3人；行政后勤人员28名，占全院人数的9%。全院博士毕业生1名，硕士毕业生13名，在读硕士研究生1名；大学本科学历183名，大学专科学历83名,中专及高中以下27名。

单位内设38个管理机构：根据医院专业特点设外一科、外二科、外三科、内一科、内二科、内三科、内四科、儿科、妇产科、精神卫生中心、急诊科、皮肤科、口腔科、耳鼻喉科、功能科、放射科、病理科、检验科、手麻科、药剂科、ICU、康复科、供应室、发热门诊、体检中心等25个临床、医技、医辅科室；设有党委办公室（含团委、工会）、院办公室、人事科（下设退管办）、财务科（下设绩效办）、医务科（下设病案质控办）、科教科、护理部、感染控制科、信息科、医保办、门诊部、医学装备与后勤保障中心（下设招标采购办）、保卫科13个职能部门。

医院现属三级乙等综合医院，除承担全区城镇职工和各地区农牧民群众常见病、多发病防治工作外，还要承担各种应急任务、区内外教学任务、全区保健任务、医疗保健任务、强基惠民任务。2016年,承担着全区精神卫生的应急、诊疗、科普及培训、指导等业务工作。2019年精神卫生全年共接诊门诊患者9177人次，住院392人次，出院384人次，运营情况良好;2017年3月27日自治区包虫病医疗救治指导培训中心在我院成立,承担着全区包虫病综合防治定点医院医务人员培训和业务指导、推广包虫病新技术,提升包虫病外科手术治疗质量等工作任务。

我院的卫生受援工作始于1994年，由北京医院、北京中日友好医院对口支援我院，同时，四川大学华西医院重点帮扶我院；暨南大学附属医院友好帮扶我院。我院除全区唯一的精神卫生中心；自治区包虫病医疗救治指导培训中心外，还下设有新生儿出生缺陷筛查中心、中国科学院“赵继宗院士西藏神经外科技术指导中心”中日友好脑瘫微创治疗中心、中日友好医院呼吸医联体、西藏康复医学学术委员会、北京天坛神经系统疾病专科联盟·成员单位。2017年与13家医疗单位签订医联体合作协议。