《计算机系统应用》创刊于1992年，为月刊，是中国科学院主管、中国科学院软件研究所主办的面向中国国内外公开发行的技术性、应用性科技核心期刊。

1992年，《计算机系统应用》创刊，为月刊。

2007年5月，期刊纳入软件所期刊联合编辑部统一管理；9月，期刊主页和期刊网上办公系统投入使用，不再接受纸质和EMAIL投稿，实现期刊办公无纸化和自动化。

2008年，第6期开始，期刊实现即时OA，并于12月，完成全文数据追溯工作，即从创刊1991年起的各期内容和封面全部上网，供读者免费阅读和使用。

2009年，《计算机系统应用》每期页码从原来的128页增加至176页（不定期增加页码）。

2010年，《计算机系统应用》每期页码由原来的176页增加至208页（不定期增加页码）。2月，编辑部搬至新的办公地点——软件园区7号楼305房间。6月，《计算机系统应用》被波兰《哥白尼索引》列为来源期刊、被美国《乌利希期刊指南》收录。

2011年4月，《计算机系统应用》被美国剑桥科学文摘CAS收录。

2014年1月1日，《计算机系统应用》新的投审稿系统启用；11月，入选国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2018年，第1期开始，《计算机系统应用》提供HTML格式全文；1月，中文网站改版；2月，英文网站上线。

《计算机系统应用》的读者对象是各行各业与计算机应用有关的人士，包括管理人员及从事计算机应用软件技术、各类信息系统设计、开发、运行管理的专业人员；高等院校相关专业的教师与研究生。设有专论·综述、系统建设、软件技术·算法、研究开发等栏目。

专论·综述：研究与探讨信息技术发展的前瞻与回顾，报道当前技术发展的趋势与动态，以及对某些专题的论述。

系统建设：主要内容是应用系统的总体规划、设计、开发与实施方案。

软件技术·算法：介绍当前流行的软件技术软件开发方法与成果，各种算法及其具体应用。

研究开发：登载应用研究与开发人员结合各行各业的实际需求所进行的研究与开发成果。

据2018年5月《计算机系统应用》官网显示，期刊拥有21位编委、8位顾问。

据2018年5月1日中国知网显示，《计算机系统应用》共出版文献10725篇。

据2018年5月1日万方数据知识服务平台显示，《计算机系统应用》载文量为8688篇。

《计算机系统应用》被美国剑桥科学文摘CSA、乌利希期刊指南（美国）、哥白尼索引（波兰）、中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国核心期刊（遴选）数据库、中国期刊网、中国学术期刊（光盘版）、中国学术期刊综合评价数据库等收录。

据2018年5月1日中国知网显示，《计算机系统应用》总被下载1141797次、总被引47649次，（2017版）复合影响因子为0.678、（2017版）综合影响因子为0.352。

据2018年5月1日万方数据知识服务平台显示，《计算机系统应用》被引量为36711、下载量为200572。据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，《计算机系统应用》影响因子为0.449，在全部统计源期刊（6735种）排第3180名，在自动化技术与计算机技术（94种）中排第40名。

面向中国国内外公开发行的技术性、应用性科技核心期刊。

宣传推广信息技术在各行各业的应用。重点是宣传介绍计算机应用系统的建设（包括系统的规划、设计与开发等方面）、信息技术的应用研究与开发成果以及相关技术的分析、探讨与应用。