许肇任大学毕业后进入电视台的冷门频道,专门负责放沉闷的欧洲电影。1997年,担任剧情电影《
黑暗之光》的助理导演,该片由
张作骥执导。2001年,担任助理导演的犯罪惊悚电影《
美丽时光》上映;同年,与
吴昭莹、
杨雅喆共同担任电视剧《
逆女》的编剧,他凭借该剧入围第36届台湾电视金钟奖单元剧编剧奖。
2002年,担任剧情电影《
给我一支猫》的助理导演,该片由
关颖、
张毓晨合作主演。2003年,执导个人首部电影《
用力呼吸》,该片获得第38届台湾电视金钟奖戏剧节目单元奖,他凭借该片获得第38届台湾电视金钟奖单元剧导演(导播)奖。
2004年,执导由
林依晨、
贺军翔共同主演的爱情剧《
爱情合约》,他凭借该剧入围第40届台湾电视金钟奖戏剧节目导演奖。2005年,执导剧情电影《
再看我一眼》。
2010年,与
林志儒联合执导情感励志剧《牵纸鹞的手》,该剧讲述了四个各有特色的教师,用爱帮助迷途少年寻找属于他们的梦想天空的故事,他凭借该剧入围第45届台湾电视金钟奖戏剧节目导演奖。2011年,执导由
隋棠、
杨祐宁合作主演的剧情短片《种子》。
2012年,执导儿童短片《
代课老师》;同年,执导由隋棠、
李烈合作主演的现代爱情剧《
甜·秘密》,该剧入围第17届釜山国际电影节,他凭借该剧入围第50届台湾电影金马奖最佳新导演奖。
2015年,执导电视剧《
出境事务所》,该剧由吴慷仁、黄姵嘉等共同主演;同年,执导由
修杰楷、
夏于乔、
刘品言联袂主演的爱情剧《
我的30定律》,该剧以保险经纪业为故事背景,讲述了保险经纪人在职场中的辛酸与竞争,以及生活与感情上所面临压力的故事。
2016年,与多位导演联合执导爱情单元剧《
滚石爱情故事》,该剧由二十个具代表性的故事单元构成。2017年,执导由
贺一航、
柯淑勤等共同主演的家庭剧《
酸甜之味》,该剧讲述了潘家一家人有笑有泪的平凡生活故事,他凭借该剧获得第52届台湾电视金钟奖戏剧节目导演奖。
2018年,与
陈正道联合执导爱情奇幻剧《
结爱·千岁大人的初恋》,该剧改编自作家施定柔所著小说《结爱·异客逢欢》;同年,执导由
蒋雪鸣、
陈昊宇、
赵粤联合主演的校园剧《
热血高校》;随后,执导由
吴慷仁、
巫建和合作主演的悬疑剧《
愤怒的菩萨》,该剧改编自日本作家陈舜臣的同名小说。
2021年 11月18日,由陈正道、许肇任执导,李纯、张含韵、王菊主演的网剧《
爱很美味》发布定档海报,宣布将于11月26日起在腾讯视频全网独播。
2023年4月15日,执导的电影《
爱很美味》全国上映;9月17日,执导电视剧《有生之年》播出。4月18日,陈正道、许肇任联合执导的网飞剧集《回魂计》正式官宣。
许肇任的作品常聚焦于社会议题,气质特殊。虽不高产,但从剧集来看,许肇任作品大多不是小清新的偶像系列,更注重电视剧背后主题,拍摄风格也是生活流,比较像日剧。自我,不着急,是许肇任身上最不同的气质。无论是关注社会议题,还是讲时代爱情,情感细腻始终贯穿于许肇任作品中,他不太愿意感知时代变化,认为无论什么时代的什么剧集,情感是共同点,抓住这个最重要。体现在他的作品中,许肇任作品里的台湾味从未减少,《酸甜之味》《出境事务所》里都有客家话出现,本土气息扑面而来。但情感却始终如一得细腻,从表白到恋爱,甚至是殡葬业对待客户家属的情感体现,都是剧集的出彩之处(澎湃新闻评)。