辞官回乡后，在浙江
余姚泗门沙堰头筑一书屋，称作“东山别业”，讲学著述研读于此。所受教的弟子逾百人。
惠来古为百粤之地，位于南海之滨，枕山面海，建制于明嘉靖三年(1521)冬十月。时倭祸甚剧，而惠来县城初创，设施简陋，海防松弛，常受倭寇侵犯。诸燮到惠来不久，就受到了倭寇的大肆洗劫。
嘉靖二十三年(1544)冬，海贼李大用召集其部下几百人，于深夜绕过惠来靖海所、武宁卫突袭惠来城。城南因空虚无屏障而被劫掠一空，民居弗安，人心惶惶。诸燮乃召集当时城南外的十几村族长商议，曰：“城外民居，寇至无以为守。城南空虚湫隘，非县治所宜。今宜开拓数十丈，以圜民居，所谓一劳永逸者也。”众深宜之，乃申请如议。
在诸燮及村民的一致努力下，拓建城南的款项很快就集齐了。由于费役有经而民心所向，南城的扩建工作也很顺利，自嘉靖二十三年至嘉靖二十七年(1548)完工，历时四年，拓南城四十四丈，合旧城七百丈共七百四十四丈(2.52公里)，有四个城门，东曰“宾阳门”，取东迎潮州府的来往官员及客商之意。西名“葵阳门”，因西门外有葵岭，故名。南称“文昌门”。北为“北山门”，因其北倚虎头山。四城门均建有跑马道，以防兵急之需。城墙高一丈七尺(5.67米)，皆建有城堞及垛口，可攻可守。城基系现在所见的环城路，基石坚实。西门建兵马司，北门建城隍庙，戏台则建于城隍庙前及新、老关爷庙之间，县署则建于南门直街。