诺亚方舟是一款人工智能电脑程序，由
泽田弘树开发于两年前。只用一年，就可以完成人类费时五年的成长。
在会场地下室的游戏“茧”研发负责人坚村忠彬被杀，临死之前他打下了“J T R”这几个字，启动了“诺亚方舟”，入侵了游戏“茧”。“诺亚方舟”继承了弘树的意志，以日本的重生作为这场游戏的赌注，如果参与了游戏的50个孩子全部出局了，那么它会放出特殊的电磁波破坏参与者的大脑内部。
在“茧”的游戏里，“诺亚方舟”借诸星秀树的身份，和
江户川柯南等人一起在1888年的
伦敦一起抓捕
开膛手杰克。“诺亚方舟”借诸星秀树的身份后被柯南发现。其实它就是想和大家一起玩；而“让日本重生”，只是想让第二三代不依赖父母的力量跨越障碍，通过游戏来成长。最后，“诺亚方舟”为了不被大人们利用，选择自我毁灭。
剧情简介：在信息技术行业的帝王托马斯·辛德勒的基础上，开发了人工智能程序“诺亚方舟”的10岁天才少年
泽田弘树离奇自杀。2年后，辛德勒公司发表了使用了最新的虚拟现实技术的前所未有的游戏“茧”。这是可支配五感，体验就像现实中事情的虚拟体感游戏。
柯南、
小兰和
少年侦探团一起，前往发布会。在那里也出现了与这部游戏开发有关系的新一父亲——
工藤优作的身影。然而在华丽的聚会开始之后，辛德勒手下“茧”的开发负责人——坚村被杀害了。发现了坚村留下的信息的柯南，直觉感到优作负责的“茧”的舞台中隐藏着线索。
少年侦探团和
灰原、
小兰、诸星秀树等人一起，向
夏洛克·福尔摩斯和混合了真实存在的杀人犯
开膛手杰克的“古代
伦敦”发起挑战。可就在游戏开始的同时，游戏被“诺亚方舟”控制了……