1994年，执导个人首部短片《Juliette + 2》。1995年，执导剧情短片《Le bus d'Alice》。1998年，执导个人首部电影《有机物》。1999年，执导剧情短片《Les aventures de James et David》。
2001年，执导由
让-皮埃尔·利奥德、
杰瑞米·雷乃合作主演的剧情电影《
春宫电影人》，该片获得第54届戛纳国际电影节国际影评人周-费比西奖。2002年，执导剧情短片《
詹姆斯和大卫的冒险》。
2003年，由其执导的剧情电影《
蒂蕾茜亚》上映，该片入围第56届戛纳国际电影节主竞赛单元。2006年，执导剧情短片《My New Picture》。2008年，执导由
马修·阿马立克、
艾莎·阿基多、
吉约姆·德帕迪约联合主演的喜剧电影《情迷恋战》。2010年，执导剧情短片《男孩在哪》。
2011年，执导由
阿弗西娅·埃尔奇、
席琳·萨莱特、
杰丝敏·特丽卡联袂主演的剧情电影《
妓院里的回忆》，影片以1900年的巴黎高级妓院为舞台，讲述了在1900年巴黎的一家妓院里，那些陷入爱河或者受过伤害的妓女们聚在一起分享各自的秘密和过往的故事，入围第64届戛纳国际电影节主竞赛单元。
2012年，执导纪录片《Ingrid Caven, musique et voix》。2014年，执导剧情短片《Où en êtes-vous, Bertrand Bonello?》；同年，执导由
加斯帕德·尤利尔主演的人物传记电影《
圣罗兰传》，该片讲述了伊夫·圣罗兰1965年至1976年之间欢乐与痛苦交织的生活经历，入围第67届戛纳国际电影节主竞赛单元、第40届法国电影凯撒奖最佳影片奖，他凭借该片入围第40届法国电影凯撒奖最佳导演奖。
2016年，执导剧情短片《莎拉温彻斯特的幻影歌剧院》；同年，执导由
费尼肯·欧菲尔德、
樊尚·罗蒂埃共同主演的惊悚犯罪电影《
夜行盛宴》，该片入围第22届法国卢米埃尔奖最佳影片奖，他凭借该片入围第22届法国卢米埃尔奖最佳导演奖。
贝特朗·波尼洛一向喜欢“语不惊人死不休”，他总喜欢把自己的电影设定在一个狭小而逼仄的空间内，然后让一群不同的人在这里展开某种群居性的生活。在这样的生活中，贝特朗·波尼洛可以很轻易地捕捉到社会性和人类行为学上的内容。而且，贝特朗·波尼洛喜欢用下半身说事。在电影《妓院里的回忆》中，虽然影片中有不少裸露的镜头，但是在贝特朗·波尼洛的调度下，显得艳而不淫。在电影《圣罗兰传》后半部分中，波尼洛打破了常规的线性叙事，将圣罗兰的幼年、青年、老年时光彻底打碎杂糅，无数碎片化的镜头将伴随圣罗兰终生的敏感、脆弱、执拗、乖戾，淋漓地展现在了观众眼前（1905电影网、腾讯娱乐综合评）。