解剖上的贲门位于管状食管向下延伸为囊状的胃壁处的食管胃交界，在希氏角或腹膜反折水平，相当于食管下括约肌下缘，向上与食管相接续。通常位于第11胸椎体左侧、第7肋软骨后方，距腹前壁约10cm，与中切牙相距约40cm。食管腹部在下行时急转向左，与贲门相延续。食管右缘与胃小弯相延续，左缘与胃大弯连续。在解剖上无特定的与贲门有关的括约肌。

在内部，食管和胃的过渡很难界定。因为胃黏膜延伸至食管腹部的程度不同，通常形成“Z”字形的鳞状上皮与柱状上皮结合处，在此“Z”线上为食管上皮。在组织学上和内镜观察中，此处通常被称为胃-食管连接缘，食管与胃小弯之间由胃纵肌形成一环形袢，常用来作为胃与食管的分界。

贲门黏膜是由单层柱状上皮和仅由黏液细胞组成的黏液腺体构成。过去大多数人认为贲门黏膜是从出生就存在的正常组织，但近年来越来越多的学者提出CM不是一个自然的结构，而是由食管末端化生形成的，并且可能是食管胃交界部反流性疾病的早期组织学表现。

食管胃交界部主要有3种细胞：黏液细胞、壁细胞和主细胞。贲门腺的黏液细胞所分泌的黏液为中性黏液，用黏液组化染色呈PAS阳性反应，阿尔新蓝(AB，Alciablue)(pH2.5)反应阴性。鉴定壁细胞的主要方法是荧光探针吖啶橙(AO，Acridineorange)：壁细胞细胞核发黄绿荧光，胞质发红光，而其它细胞的胞质不着色[9]。主细胞以胃蛋白酶原为其标志物采用胃蛋白酶原的抗体和PA-SP双重免疫组化染色。区别主细胞和壁细胞可以加入甲苯胺蓝和一品红染色剂后在光镜下根据细胞大小、结构、颜色区别：主细胞核经Hem染色后显深蓝色，壁细胞直径较主细胞长，染色后显红色。黏液细胞和主细胞在HE染色和Malory氏染色中都不易区别，可用黏液胭脂红染色或PAS反应染色进行区别。

胃左静脉又名胃冠状静脉，分为弓形部和降部两段，弓形部为位于贲门右侧，由前、后二属支汇合成胃左静脉后，呈凸向上的弓形弯曲段，此段接收贲门食管支；降部乃弓形部向右进入胃膈韧带，继而下行于胃胰襞，直至注入脾或门静脉中。

胃右静脉又名幽门静脉，常与胃左静脉吻合成弓，汇入门静脉。

胃后静脉起自胃底部后面，先行于胃肠韧带内与同名动脉伴行，于网膜囊后面腹膜后向右下行，继经脾动脉后或前与之交又，最后向下注入脾静脉。

胃短静脉收纳胃大弯侧上1/5段静脉血，汇入脾静脉属支。

根据食管下段贲门区俯卧左后斜位吞钡摄片及录像观察将其分为壶腹段、切迹段、贲门口、贲门口周边四个部分。

壶腹段：为食管下段梭形（囊状）扩大部分。在吞咽钡剂后立即透视或照像检查，则在食管下端和胃食管前庭上方可见因食管裂孔收缩而形成的另一暂时性的囊状扩张，称为膈壶腹。壶腹段是一个独立的功能单位，能扩张与收缩，膨大如壶腹状为其主要形态特征，其功能形态的改变既不同于中上段食管的蠕动，也不同于切迹段食管的松她与紧张，各段之间形成一明显交界。壶腹的大小、形态有一定的差异，是返流性食管炎的好发部位。

切迹段：为胃悬吊纤维肌束引起压迹(贲门切迹)所在段食管，位于隔下及隔食管裂孔内，由贲门切迹及切迹段食管组成。

贲门口：关闭时呈点，开放时呈面，轴位投影正面观为一圆形，斜面投影为椭圆形.X线片上贲门口关闭时显示一圆点(钡点)或小圆环形，开放时仅显示远地壁，表现为弧形、半圆形、半椭圆形，近地壁在吞钡时犹如瀑布。

贲门口周边：为贲门口周围粘膜即形成贲门星的区域。