1998年，执导个人首部电影《熊孩子》。2000年，与
卡迪亚·兰德联合执导犯罪喜剧电影《Palace II》，该片获得第52届柏林国际电影节纽约电影学院全景奖。2001年，由其执导的喜剧电影《女仆们》上映。
2002年，执导由
马修斯·纳克加勒、
艾莉丝·布拉加、
索·豪黑联合主演的犯罪电影《
上帝之城》，他凭借该片入围第76届奥斯卡金像奖最佳导演奖，该片入围第15届东京国际电影节金麒麟奖。
2005年，由其执导的惊悚电影《
不朽的园丁》上映，该片根据John le Carre的畅销小说改编，讲述了一个关于爱、欺骗和政治阴谋的故事，入围第62届威尼斯国际电影节主竞赛单元，他凭借该片入围第63届美国电影电视金球奖最佳导演奖，获得第62届威尼斯电影节乔万尼杰出电影奖；同年，担任纪录片《巴西足球魂》中的制作人。
2008年，执导由
朱丽安·摩尔、
马克·鲁弗洛合作主演的悬疑惊悚电影《
盲流感》，该片入围第61届戛纳国际电影节主竞赛单元。2011年，由其执导的爱情电影《
圆舞360》上映。2012年，担任纪录片《热带主义运动》的制作人。
2014年，与
林常树、
保罗·索伦蒂诺等9位导演联合执导爱情电影《
里约，我爱你》。2015年，担任第5届北京国际电影节的评委；同年，与保罗· 莫雷利等联合执导爱情犯罪电影《永远快乐?》；随后，担任喜剧动画电影《
变焦》的制作人。2016年，担任“里约热内卢奥运会”开幕式的导演。
2019年，执导由
乔纳森·普雷斯、
安东尼·霍普金斯共同主演的剧情电影《
教宗的承继》，该片根据真实历史事件改编，讲述了21世纪初罗马教廷深陷助理泄密等一系列丑闻之时，教宗本笃十六世辞去职务，权力交换之下，贝尔格里奥成为了新一任教宗的故事，入围第24届金卫星奖电影部门最佳剧情片奖、第77届美国金球奖电影类最佳剧情片奖。
费尔南多·梅里尔斯无论是在电视领域还是电影工业，他的作品列表可谓是种类繁多，既包括了有特色的故事，也有对社会问题的关注。作为最负盛名的巴西导演之一，他不仅以炫酷的电影技法艳惊整个好莱坞，还能够洞察事物，并将其高雅地表现出来。在电影《教宗的承继》中，整体基调比较轻快，但依然具有戏剧性，费尔南多·梅里尔斯给观众展示了平衡强戏剧冲突和现实主义的导演艺术（Mtime时光网、搜狐娱乐、《法制晚报》综合评）。
费尔南多·梅里尔斯执导的影片不多，但每部都精彩。他的电影风格为“好莱坞拉丁派”，他的电影不是对现实生活的简单刻画，也不是对娴熟视听技巧的把玩或电影技术的演示，而是十分重视电影的文化内涵和社会责任，深刻关注人类的生存状况和对社会的反思。作为一个具有人文责任感和艺术责任感的巴西导演，他总是用他的镜头向世界展示底层和边缘地带人们的生存现状，关注贫穷、暴力、强权、青少年犯罪等社会问题。他总是带着深切的人文关怀和可贵的社会良知和观众一起直面社会的隐痛，同时在电影艺术的探索上又不遗余力，在电影叙事中坚持现实主义的表现风格，充分接近现实生活，使得故事在时间和空间上达到了相约性的默契（中国美术学院曹国峰评）。