1565年，郑检进攻莫朝山南中路，派赖世卿与武师铄留守清化各海门。后莫朝趁清化空虚，派莫敬典入侵清化。武师铄向郑检求援，郑检派禄郡公回援清化。后禄郡公同赖世卿和武师铄一起于油场与莫军交战。黎军中埋伏禄郡公战死，赖世卿和武师铄则逃入山林。后郑检回军清化，莫军闻声撤退。
1570年，郑检去世，其子郑松与郑桧争权 ，四月郑松与黎英宗屯兵于万赖关内。赖世卿奉郑桧之命，驻守在关外，与郑松对峙。
黎英宗试图调解双方矛盾，赖世卿道：“不图今日使我等出于人下矣。”不肯和解。后被郑桧派去支隆神符海门驻守防止莫朝偷袭 ，八月，莫朝趁后黎朝内讧出兵攻打后黎朝。郑桧见势不妙投靠莫朝，而赖世卿则弃营，逃入永宁，越过锦水，进入安场投靠黎英宗 。后黎军分三路反击莫朝。赖世卿与端武侯黎及第，文锋侯郑永绍，晋郡公郑模等领兵出左路，取安定，逾永福，攻略宋山。莫军不敌败走 。