赣南医学院第一附属医院有两个院区，章贡院区位于江西省
赣州市
章贡区青年路23号，始建于1958年，占地面积208亩，是一所集医疗、教学、科研、预防于一体的三级甲等综合性医院，是赣州市医保和新农合定点医院。
2024 年赣南医学院第一附属医院内设科室99 个，包括：纪委综合办公室、纪委监督检查室、党委办公室、组织科、宣传科、工会、团委、纠正行业不正之风办公室（医德医风办公室）、第一党总支(机关党总支)、第二党总支(门急诊部党总支)、第三党总支(内科党总支)、第四党总支(心脏医学中心党总支)、第五党总支(外科党总支)、第六党总支(医技党总支)、第七党总支(离退休职工党总支)、院长办公室、人事科、财务科、审计科、运营管理部、质量与安全管理办公室、医务部、护理部、科研科、医保科（价格管理科）、医院感染管理科、公共卫生科（预防保健科）、采购办公室、信息科、医疗器械科、后勤保障部、基建科、保卫科、呼吸与危重症医学科、消化内科、神经内科、血液内科、肾内科、内分泌科、风湿免疫科、变态反应科、普外一科（肝胆胰外科）、普外二科（胃肠外科、肠瘘外科）、普外三科（血管外科）、普外四科（甲状腺、疝外科）、普外五科（章贡院区普外科）、普外六科（乳腺外科/乳腺疾病诊疗中心）、神经外科、骨科、泌尿外科（江西省尿路结石现代治疗中心）、胸外科、烧伤、创面修复外科、医学美容科（整形外科）、妇产科、生殖医学科、儿科、小儿外科、儿童保健科、眼科、耳鼻咽喉头颈外科、口腔科、皮肤科(美容皮肤科)、精神医学科（心理医学科）、肿瘤科、感染性疾病科、康复医学科、康宁中心、麻醉手术中心、疼痛科、重症医学科（综合ICU）、全科医疗保健部、心脏医学中心、门急诊部、医学影像科、核医学科、超声医学科、介入治疗中心、检验科、输血科、病理科、药学部、消毒供应中心、内窥镜中心、肌电图、脑电图室、临床营养科、第一附属医院临床护理教研室、心脑血管疾病防治教育部重点实验室临床分部、国家老年疾病临床医学研究中心江西省分中心、江西省结石防治工程技术研究中心、江西省人体音频信号智慧医疗工程研究中心、江西省泌尿系统疾病临床医学研究中心、江西省脉管性疾病临床医学研究中心、江西省恶性肿瘤临床医学研究中心、江西省高校临床医学重点实验室、临床医学研究中心、医药大数据与生物信息研究中心、精准医学中心、赣南医学院干细胞临床转化中心第一附属医院（第一临床医学院）分中心、药物/医疗器械临床试验机构（GCP）办公室。
医院现有在职职工2700余人，其中
高级职称人员430余人，博士及博士后近50人、硕士近700人，获
中国医师奖专家1人，全国
卫生系统先进工作者1人，享受国务院及省、市政府特殊津贴专家5人，入选省“
赣鄱英才555工程”领军人才培养计划专家1人、省
新世纪百千万人才工程专家7人、省高校中青年学科带头人4人、省卫计委有突出贡献中青年专家5人。
医院编制床位3000张，配有罗氏Cobas 8000
全自动生化、
免疫分析仪、BioelectronSeq 4000
基因测序仪、
微阵列芯片检测系统、RTisochipTM-A
微流控芯片检测系统、罗氏cobas 4800全自动核酸提取及荧光
PCR分析系统、ABI7500
荧光定量PCR扩增仪、梅里埃
全自动细菌鉴定及药敏分析系统、高档
磁共振仪4台、
螺旋CT机6台、
DSA、
ECT、
直线加速器等医疗设施。