天文23年（1554年）、密通
三好长庆，和
安宅冬康一起攻击正在播磨国明石城的
细川晴元。成年后和父亲晴政以连署体制共同执行政务。永禄元年（1558年）8月、在握有家中实权的浦上政宗拥立下，义祐将父亲流放，继承了家督之位而成为赤松氏的当主。遭到流放的晴政前往投靠女婿赤松政秀，以龙野城为根据地和义祐对抗。此外，也一度和儿子则房失和，关系紧张到义祐不得不暂住到别所安治的三木城，不过没多久两人就和解了，义祐也回到了置盐城。永禄7年（1564年）、发生了赤松政秀突袭浦上政宗长男‧清宗和黑田职隆女儿的结婚典礼，杀死了政宗和清宗父子的事件，家中的动乱仍然持续著。
永禄8年（1565年）、因为晴政的病故，使得政秀失去和本家继续对立的理由而与义祐达成和解。之后，政秀为了扩展势力，独断发起军事行动攻下了利神城；还在永禄10年（1567年）、和当时正在流浪的足利义昭私下接触。另一方面，东播磨的有力领主别所安治也开始不受控制。在义祐统治下的赤松氏，已经逐渐失去驾驭周遭领主的力量了。
永禄11年（1568年）9月、在
织田信长的协助下，
足利义昭就任征夷大将军、成为室町幕府第15代将军，赤松政秀也将自己的女儿送到将军家当侍女服侍义昭。政秀这种无视于本家、擅自和将军家加深交情的行为触怒了义祐，于是命令御著城主小寺政职前往京都绑架政秀的女儿，并以“无道之仁”的理由弹劾政秀；且催促备前国的
浦上宗景发兵，欲联手将政秀彻底打垮。收到请求的宗景、认为这是一个扩展势力的好机会，率领备前、美作的国人众进攻播磨国，
威胁政秀的领地。翌年永禄12年（1569年）2月、政秀女儿得到释放到达了京都，但宗景仍然持续猛攻政秀，难以抵挡的政秀只好向足利义昭请求援军。
得到救援请求的义昭，命令信长援助政秀。同年8月、以池田胜正为大将的摄津众、加上别所安治的军队，攻进了义祐的领地。同一时间，浦上军因为
宇喜多直家的谋反，不得不返回备前国；义祐和小寺联军不敌池田、别所联军，庄山、高砂城等相继陷落。形势一转，义祐从攻击方陷入窘境、困守在置盐城中，忍受着池田、别所联军的攻击。
但是幸运的是，在当时三好氏等势力仍然安在，织田氏还不能说是已经在畿内站稳脚步的阶段；9月、信长将摄津众召回畿内，别所安治也随后退兵。之后，义祐立即和织田氏接触、进行关系的修复；并命则房出兵、和攻击龙野城的浦上军相互对峙，以做为向织田氏臣属的证明。
另一方面，赤松政秀发兵攻打黑田职隆、孝高父子的姬路城，但却在青山、土器山之战（永禄12年5月～6月）惨败。之后在浦上宗景的攻击下，居城龙野城为浦上军攻占，政秀被囚禁并在翌年遭到暗杀。而在掀起反旗的宇喜多直家重新归顺浦上氏后，这一连串的动乱终于平息，义祐也脱离了困境。
宗景以救援义祐为名义、出兵攻打龙野城，而与之对峙的则房却无战意。11月、池田胜正、和田惟政、伊丹忠亲等人急援政秀，但在同月中政秀投降浦上氏，援军几乎未曾交战就又返回畿内；而则房也在浦上军离开播磨国后，回到了置盐城。翌年元龟元年（1570年）、义祐将家督之位让与儿子则房。在隐居的6年后、天正4年2月15日（1576年3月15日）过世，墓所位在姬路市梦前町松安寺旧址。