1994年3月19日，任系动作代表《超级银河战士》发售。包括导演坂本贺勇在内的15人团队联合任天堂第一开发部以及Intelligent Systems，由横井军平领头制作了这款作品。《超级银河战士》为动作类游戏树立了新典范。1994年发售的这款游戏长时间停留在各媒体的史上最佳100款游戏前列，被视为SNES（美版SFC）上最好的游戏。

故事情节紧接着《银河战士II》，萨姆斯把捕获的小Metroid送到了银河联邦的空间站，让科学家们进行研究。在她刚离开不久之后就收到了空间站发出的紧急求救信号，当她返回时发现空间站里遭到了宇宙海盗的袭击，小Metroid被Ridley抢走。为了彻底消灭宇宙海盗，萨姆斯再次来到了ZEBES。

故地重游的萨姆斯在ZEBES上探索宇宙海盗的踪迹，发现很多上次没有到过的新地域，如坠毁的飞船和流沙地带，还从两种外星小生物那里学会了加速跑后蓄力飞行和蹬墙跳跃的技巧。

萨姆斯而后见到了Mother Brain，击毁了玻璃容器，Mother Brain现出了真身。它将萨姆斯打入了濒危危险状态。

小Metroid赶来救萨姆斯，吸干Mother Brain的能量，并把能量转给萨姆斯。

Mother Brain竟又活了，杀死了小Metroid。萨姆斯启用母脑能量带来的Hyper Beam，把Mother Brain消灭，后启动自爆系统脱离了这伤心之地。

由于是在一个ZEBES这样的行星上探险，地图异常的庞大，游戏的进行过程中没有任何该往哪里走的提示，得到的新能力也不会告诉你应该怎么用，全要靠玩家自己的探索，初玩者肯定会有种茫然无助的感觉，不知道该如何是好。众多新能力、新技巧的加入使得系列的解谜在《超级银河战士》中被提升到了一个无与伦比的程度，这也是《超级银河战士》被尊为系列之最的原因。最为经典的当数变成球放在鸟人族雕像上启动机关和用强力炸弹破坏玻璃通道开辟新的路线，这其中的奥妙之处很难用三言两语能精确的表达出来，只有玩家自己亲自去玩才能体会它的伟大。 《超级银河战士》无论是在故事情节上还是游戏系统上都到达了《银河战士》系列的顶峰。

从这一部开始，《银河战士》系列的标题就不再用数字了，本作的SUPER含义有三：

其一，第一部作品平台是FC，本作为SFC，故为Super;

其二，与一代相同，地点都是在ZEBES上，画面音乐方面大幅Super化;

其三，意指已经长大的小Metroid成为了Super Metroid。