转基因抗虫棉是指棉花细胞染色体上整合有外源抗虫基因的棉花品种。抗虫基因通常为来源于
苏云金芽孢杆菌的Bt基因。
转基因抗虫棉也称为转Bt基因抗虫棉。它是将
苏云金芽孢杆菌的Bt基因导入到
受体细胞（转基因抗虫棉的叶肉细胞）中。苏云金芽孢杆菌的代谢过程中能产生一种Bt杀虫蛋白，它对多种害虫具有毒杀作用，作为
生物农药广泛使用在蔬菜、瓜果等作物上。通过根癌农杆菌介导等方法将Bt基因转入棉花植株的细胞中后，棉株体内也能合成Bt杀虫蛋白。
棉花产业在我国国民经济发展中占有举足轻重的地位，我国棉花种植面积7500万亩左右，约占世界面积的15％，皮棉产量约占世界总产量的25％。上世纪90年代以来，棉铃虫危害猖獗，每年给国家造成几十亿甚至上百亿元的经济损失。以1992年棉铃虫大暴发为例，棉农为防虫喷施农药中毒事件就有10万多例。
面对严峻的生产形势，我国转基因棉花研究在科技部的大力支持下取得了很大进展。1991年国家“863”计划启动抗虫棉研制工作后，我国科学家于1992年底研制成功具有自主知识产权的GFMCry1A融合Bt杀虫基因，转入棉花创造出单价转基因抗虫棉。1996年又研制成功双价抗虫棉（Bt+CPTI）。
在多方力量的共同努力下，我国育成了拥有自主知识产权的系列国产转基因抗虫棉品种70个，均已在河北、山东、河南等主产棉省大面积推广应用。2008年国产抗虫棉达到市场份额的93％。其中，“中棉所41”是我国第二代抗虫棉的标志性品种，其适应性广、推广面积大，以其为亲本还衍生出许多新品种，该品种于2009年获国家科技进步二等奖；“中棉所63”在长江流域棉区高产创建中，创下该棉区子棉1000斤的高产记录；早熟抗虫棉品种“中棉所50”比对照品种增产29％，是适宜麦棉套种的优良品种。
陈晓亚说，迄今为止，我国转基因抗虫棉累计推广面积达3.15亿亩，新增产值超过440亿元，棉农增收250多亿元，每年化学农药的使用量减少1万到1.5万吨，相当于我国化学杀虫剂年生产总量的7.5％左右；棉农的劳动强度和防治成本显著下降，棉田生态环境得到明显改善。
转基因抗虫棉的大规模推广应用提升了棉花产量，截止2010年新增产值超过440亿元，棉农增收250多亿元，每年化学农药的使用量减少1万到1.5万吨。有效的改善了农业生态环境。