内部转录间隔区（ITS），rRNA（ribosomalRNA）中存在于结构RNA的非功能性RNA序列，通常这段序列存在于转录前体RNA中（pre-RNA，precursor RNA）。

从5‘到3’方向，这个多顺反子转录前体rRNA包含了外转录间隔区（5' external transcribed sequence ，简称5' ETS）18S rRNA, ITS1, 5.8S rRNA, ITS2, 28S rRNA 最后是3'ETS。

在rRNA成熟过程中，外转录间隔区和转录间隔区被切割，并且作为非功能成熟副产品很快被分解。编码rRNA的基因与间隔区是数以千计的串联重复序列，这些基因被非转录DNA（称为基因间间隔区，或转录单元间隔区，intergenic spacers，IGS；或称为非转录间隔区non-transcribed spacers,NTS）隔开。

ITS被广泛用于分类学和分子系统学 （molecular phylogeny），由于：

（1）大量的拷贝，使得它容易扩增。

（2）即使在相近的种群中也有着高度的变异。因为作为非功能片段，其有着很低的进化压力。

例如：ITS被证明在辨明同属的物种的关系中扮演重要的作用，在菊科植物的关系和临床上重要的酵母类之间关系的阐明上有着重要作用。（Baldwin, 1992; Baldwin et al., 1995; Kim et al., 1996) as well as clinically important yeast species.）