I.Macpherson等于1964年首创的
培养法，这一培养法选择性地使已转化的细胞进行增殖，而抑制正常细胞的增殖。通常是将含有0.5%琼脂的培养基作为营养层铺在底部，然后再将含有细胞的少量软琼脂培养基（琼脂量约0.3%）倒在上面。正常细胞仍停留在接种时的状态，几乎不进行增殖，但已转化的细胞则以半浮游状态增殖，而形成菌落。形成菌落的能力和对动物的还原接种所产生的形成肿瘤的能力经常是非常平行的。
Cell BioLabs的CytoSelect™ 96孔板软琼脂克隆形成分析试剂盒（CytoSelect™ 96-Well Cell Transformation Assay）克服了上述难题，使用该试剂盒不再需要3-4周漫长的克隆形成过程，只需要6-8天；而且无需进行手动计数，而是应用MTT（普通光分析）或CyQuant ® GR Dye荧光染料（荧光分析），最终使用分光光度计或荧光计读取数值。
还有的方法是用大约1.3%的
甲基纤维素来代替细胞层的琼脂。由于用保持低温的大量培养液洗涤，甲基纤维素可溶解，所以，对回收细胞很方便。软琼脂培养可用来确定已
转化细胞的性质以及对其进行定量。