辅助性假说是一种能够独立检验并能显著增进科学知识的假说。用以解释科学理论与观察、实验结果之间的矛盾。它往往能导致新的科学发现。如用假设一个新行星的存在来解释天王星轨道的摄动，后来勒威耶和亚当斯用数学方法计算出这颗尚待发现的行星的轨道，伽勒按照所在的方位用望远镜发现了它，命名为海王星。

科学理论本身是有结构的，常常包含了一组辅助性假说。因此，对于一个科学理论的检验，并不是经验事实和孤立的被检验理论之间的两者关系，而是经验事实与被检验理论、辅助性假说等之间的关系，显示了检验的复杂性。