解放战争时期,中央军委统一领导南满地区武装力量的军事机构。1946年1月,辽东军区和第三纵队机关改编为南满军区。程世才任司令员,萧华任政治委员,罗舜初任副司令员兼参谋长,曾克林任副司令员,莫文骅任副政治委员兼政治部主任,唐凯任副政治委员兼政治部副主任。下辖辽宁军区、安东军区、东北人民自卫军第二、第三纵队。2月,成立第四纵队。6月,南满军区改称辽东(南满)军区,为东北民主联军所辖。1947年2月,辽东军区下辖的东北民主联军第三、第四纵队改归东北民主联军直属。3月,第四纵队免兼安东军区,另成立安东军区机关。7月,抽调辽东军区机关部分人员,成立东北民主联军辽东军区前线指挥所。1948年1月,辽东(南满)军区改隶东北军区,其下辖军区不变。5月,辽东(南满)军区撤销。新中国成立后并入辽宁省军区。