连云港市第二人民医院为三级甲等综合医院，担负着医疗、教学、科研、预防、保健、康复、公益等7项中心任务以及政府指令性任务和突发公共卫生事件应急救治任务。同时承担着连云港市肿瘤医院、连云港市临床肿瘤研究所和连云港市慈善医院职能。依托医院工作，建立了连云港市互联网医院、连云港市安宁疗护中心、连云港市老年医学中心及连云港市医养结合培训基地、连云港市癌症中心。医院拥有东西两个院区，占地132亩，建筑面积15.8万平方米，核定床位1307张，设有61个(一、二、三级)临床医技科室，36个病区。

连云港市第二人民医院为南京医科大学康达学院附属医院、蚌埠医学院临床学院、江苏大学临床学院、徐州医科大学临床学院，南京医科大学等十家医学院校教学医院。是国家药物临床试验机构，国家级住院医师规范化培训基地。是全国百姓放心示范医院、江苏省实施患者安全目标合格医院，江苏省癌症康复指导和随访管理示范机构，江苏省人民医院战略合作医院，江苏省肿瘤医院技术支持合作医院。近年来，医院柔性引进A类人才团队——北京清华长庚医院董家鸿院士肝胆外科专家团队，建成并成功运行董家鸿院士连云港肝胆外科中心、徐泽宽教授名医工作站（胃肠外科）的基础上，医院又相继建成张达颖教授名医工作站（疼痛医学）、李建勇教授名医工作站（血液内科）、王增军教授名医工作站（泌尿外科）、陈明龙教授名医工作站（心血管内科）、马勇教授名医工作室（中医骨伤科）、范志宁名医工作室（消化内镜）。医院与以色列高级专家组织（MATAT）、法国专家咨询协会（ECTI）及德国退休专家组织（SES）形成合作，建成江苏省外国专家工作室。

预防保健科 /全科医疗科 /内科 | 呼吸内科专业 | 消化内科专业 | 神经内科专业 | 心血管内科专业 | 血液内科专业 | 肾病学专业 | 内分泌专业 | 免疫学专业 | 老年病专业 /外科 | 普通外科专业 | 神经外科专业 | 骨科专业 | 泌尿外科专业 | 胸外科专业 | 心脏大血管外科专业 | 烧伤科专业 | 整形外科专业 /妇产科 | 妇科专业 | 产科专业 | 计划生育专业 | 生殖健康与不孕症专业 /儿科 /小儿外科 /儿童保健科 /眼科 /耳鼻咽喉科 | 耳科专业 | 鼻科专业 | 咽喉科专业 /口腔科 /皮肤科 | 皮肤病专业 | 性传播疾病专业 /医疗美容科 | 美容牙科 | 美容皮肤科 /精神科(门诊) /传染科 | 肠道传染病专业 /肿瘤科 /急诊医学科 /康复医学科 /职业病科 /临终关怀科 /麻醉科 /疼痛科 /重症医学科 /医学检验科 | 临床体液、血液专业 | 临床微生物学专业 | 临床化学检验专业 | 临床免疫、血清学专业 | 临床细胞分子遗传学专业 /病理科 /医学影像科 | X线诊断专业 | CT诊断专业 | 磁共振成像诊断专业 | 核医学专业 | 超声诊断专业 | 心电诊断专业 | 脑电及脑血流图诊断专业 | 神经肌肉电图专业 | 介入放射学专业 | 放射治疗专业 /中医科 | 内科专业 | 妇产科专业 | 肿瘤科专业 | 针灸科专业 /中西医结合科

2021年10月，被江苏省委、省政府授予“江苏省脱贫攻坚暨对口帮扶支援合作先进集体”称号。

2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。