13世纪，罗马
天主教的
多明我会和
方济各会在东方
叙利亚教会中传教，有个别主教转向罗马天主教，并短期合一，但未建立永久性教区。15世纪中叶，
牧首职位世袭制（从叔伯传给子侄）在叙利亚教会中形成，1552年根据这种制度选举牧首，遭到部分主教反对，后者决定与罗马教会合一，选举修道院长余汉南·素拉卡（Yuhannan Soulaka）为牧首，派遣他至罗马讨论与罗马天主教会的合一工作。1553年，
罗马教宗尤里乌三世在
圣彼得大教堂宣布余汉南·素拉卡为迦勒底牧首西门三世（Patriarch SimonⅢofthe Chaldeans）；是年4月9日，又在圣彼得大教堂任命他为主教。同年，余汉南·索拉卡回去后实行改革，许多聂斯托利派成员加入罗马天主教会，被称为迦勒底教会、迦勒底天主教会或东叙利亚教会；遭到对立叙利亚牧首的强烈反对；1555年，余汉南·素拉卡被处死，其追随者回到东方叙利亚教会。此后200年，双方不断出现骚乱和变化；1830年，罗马教宗
庇护八世确认约翰霍米兹达斯（John Hormizdas）为
宗主教，管辖迦勒底天主教会，享有迦勒底巴比伦牧首（Patriarch of Babylon ofthe Chaldeans）头衔，牧首教座设于
摩苏尔（Mosul），自此形成连贯的牧首
统绪。1950年，随着迦勒底基督徒从伊拉克北部移民至
巴格达，现牧首教座移至巴格达，领大主教牧首（Catholicos Patriarch）头衔，管辖4个大主教区（2个设于伊拉克，2个设于伊朗）和7个主教区。其中的叙利亚成员由叙利亚的
阿勒颇主教教区统领，在伊朗的几千名成员由3位设于伊朗的阿瓦士（Ahwaz）、德黑兰和奥卢米叶（Orumiyeh）的大主教统领，在黎巴嫩的成员由贝鲁特主教区统领。该教会现在坚持东方叙利亚礼仪，崇拜用的语言为接近于
耶稣曾经操用的
阿拉米语的叙利亚语。