通用语言基础结构（Common Language Infrastructure，CLI）是CLR的一个
子集，也就是.NET中最终对编译成MSIL代码的应用程序的运行环境进行管理的那部分。
在CLR结构图中，CLI位于下半部分，主要包括类加载器（Class Loader）、实时编译器（IL To Native Compilers）和一个运行时环境的垃圾收集器（Garbage Collector）。CLI是.Net和CLR的灵魂，CLI为IL代码提供运行的环境，你可以将使用任何语言编写的代码通过特定的编译器转换为MSIL代码后运行其上，甚至还可以自己编写MSIL代码在CLI上面运行。
欧洲计算机制造商协会（ECMA）已经于2001年10月13日批准C#语言规范（ECMA-334）成为一种新诞生的计算机产业标准。同时
国际标准组织ISO也同意该标准进入该组织的审批阶段。并且，作为.Net与CLR的核心部分，CLI与C#也同时获得了ECMA的批准（ECMA-335）。拥有了C#与CLI这两项标准，你可以自己写出能够运行于任何操作系统上的.Net平台（只要你愿意）。如前所述，著名的Mono项目就是这么干的，Mono项目包括三个核心的部分：一个C#语言的编译器，一个CLI和一个类库。在Java的世界中，这项工作是由SUN公司完成的，SUN针对不同的操作系统开发出相应的
Java虚拟机，以便让一个由Java开发的应用程序运行在不同的操作系统上，但是迄今为止还没听说过微软有这方面打算（为用户提供非Windows系统的.Net平台）。