遗传
瓶颈是指一个大的多样性群体在某种条件的限制下，只有少部分个体可以通过某一个时空到达新的繁殖地，并由这些个体进一步繁殖成一个多态性的小群体。由于这少部分的个体只代表了原有群体的
遗传多样性的一小部分，故称为遗传瓶颈。
生物学上的遗传瓶颈是指，如果一个种群在某一时期由于环境灾害或人为过捕等原因导致种群数量急剧下降，这必然会导致种群基因库质量的下降。经历遗传瓶颈后，如果种群数量不能得到有效恢复，就会由于遗传漂变其基因库质量迅速降低。如果经受连续的选择（捕猎、灾害等）压力，种群最终可能走向灭亡。如果经历遗传瓶颈后种群数量逐渐增加，并不断积累新的遗传变异，补充和扩大基因库的数量、提高基因库的质量，种群就会重新发展和兴旺起来。但是，一般而言，经历遗传瓶颈后，种群的恢复需要相当长（多个世代）的时间。
细胞生物学上的遗传瓶颈是指：卵细胞形成过程中线粒体数量急剧减少(10万到少于100个)的过程。这使得只有少数线粒体真正传给后代，也是造成子代差异的原因。如果通过遗传瓶颈保留的一个线粒体携带一种突变，这种突变就会在个体中占有一定的数量。