邱宝仁，福建闽侯人，1867年入福建船政后学堂第一期，学习航海驾驶。1871年，上“建威”练船实习，历经南洋新加坡、槟榔屿，以及
渤海湾、
辽东半岛各口岸。1875年，复上“扬武”舰练习，航行外海，南历新加坡、小吕宋、槟榔屿各口岸，北至日本而还。
1876年调往北洋
海防，任新购的“虎威”蚊子船
管带，1877年任“策电”蚊子船管带，1879年，清政府从英国订购的“镇”字号蚊子船回国留用北洋，“龙骧”、“虎威”、“策电”、“飞霆”4艘蚊子船改拨南洋，11月，邱宝仁任“镇东”蚊子船管带。1880年8月，“镇东”等四炮舰出游
黄海，至
海洋岛，“镇南”不慎触礁，旋即脱险。邱宝仁因“救援不力”，被“撤革摘顶，以示惩戒”。
1887年，在英、德订造的“致远”、“靖远”、“
经远”、“来远”四舰以及“左一”鱼雷艇竣工，
李鸿章奏派总查
琅威理率邱宝仁、
邓世昌、
叶祖珪、
林永升 等赴英接舰 ，返航途中邱宝仁身兼两职，同时担任“来远”和“左一”
管带，由“来远”拖带“左一”回华，历尽艰险，1888年，四舰安抵
大沽。鉴于邱宝仁“既管驾‘来远’快船，又拖带新购鱼雷艇，远涉重洋数万里， 一人而兼数人之事，并未用洋行保险之费，不仅中国水师向未所经，亦为外洋各国所罕有。沿途叠遇风滔，异常险恶，竟能出其死力，得保无虞，实属胆智过人，较之同往接舰各员事难功倍”，经
李鸿章力请，破例给邱宝仁越级奖励，从守备越过都司直接升任游击，并加劲勇巴图鲁勇号 ，管带“来远”舰。
1888年北洋海军正式建军，1889年，邱宝仁升署右翼左营
副将，委带“来远”舰。1892年4月，以3年署理期满，改为实授。
1894年
甲午战争爆发，9月17日邱宝仁
管带“来远”舰随舰队参加了黄海
大东沟海战，海战中“来远”舰与“靖远”舰编为小队，列于北洋舰队右翼。邱宝仁与“来远”全舰官兵拼死作战， 发动了对日本军舰“赤城”的围追，多次命中“赤城”舰，致其后桅折断、舰体重创，但“来远”不幸被“赤城”的尾炮击中。由于当时日本联合舰队广泛装备了装填烈性炸药的炮弹，“来远”舰由此燃起大火，几乎无法收拾。“来远舱内中弹过多，延烧房舱数十间”，猛火中舰首炮依然发射，士卒奋力救火。当时为防止火焰从甲板烧入机舱，不得已将通往机舱的所有通风管、天窗密闭，黑暗中由上甲板向焚火室传达命令仅靠通风管传话。 轮机官兵不顾200度之高温，始终坚守岗位，恪尽职守”。邱宝仁指挥全舰官兵一面抗敌，一面救火，终于将火扑灭 ，并将已经烧得舰体肋骨变形的“来远”安全驶回了旅顺。“来远驶回旅顺之际，中西各人见其伤势沉重，而竟安然返旆，无不大奇之”。
“来远”舰此后又参加了
威海卫保卫战，1895年2月6日晨4时，日本鱼雷艇队进威海卫港偷袭，“来远”不幸中雷，舰身倾覆，邱宝仁落水后被官兵救出。
1887年，在英德订造的“
致远舰”、“靖远”、“
经远”、“来远”四舰竣工，
李鸿章奏派邱宝仁和
邓世昌、
叶祖珪、
林永升出洋接带。1888年，四舰安抵大沽。这次接舰回国，皆由中国将领
管带，“不另保险，省费数十万”，“即无雇募资遣之烦，复得沿途练习之益”。邱宝仁以“远涉重洋数万里，驾驶回国，均极辛劳”，被赏劲勇巴图鲁勇号。1889年，升署右翼左营副将，委带“来远”舰。1892年4月，以3年署理期满，改为实授。
1894年9月17日，
黄海大战爆发。海战中，邱宝仁与“来远”全舰官兵拼死作战，遂受重伤。“来远舱内中弹过多，延烧房舱数十间”，顿时“烈焰腾空，被猛火包围，但舰首炮依然发射，士卒奋力救火。此时，机器室内火焰升腾，不得已将通风管密闭，黑暗中由上甲板向焚火室传达命令仅靠通风管传话。全舰官兵不顾200度之高温，始终坚守岗位，恪尽职守”。邱宝仁指挥全舰官兵一面抗敌，一面救火，终于将火扑灭，继续与敌博战。海战结束，“来远驶回旅顺之际，中西各人见其伤势沉重，而竟安然返旆，无不大奇之”。
1895年2月6日晨4时，日本鱼雷艇进威海卫港偷袭，“来远”中雷，舰身倾覆，邱宝仁被水手救上
刘公岛。
北洋水师覆没后，被革职。
1895年2月6日凌晨，日本联合舰队鱼雷艇队在重创定远后再次趁着夜色，对
威海湾进行袭击。黑幕中，“来远”舰遭到
日本鱼雷艇“小鹰”号的攻击，两条鱼雷接连命中了“来远”的左舷，在水线下各造成了直径分别为4米和1米多的破口，两个破口相距仅半米。水线下没有任何装甲保护，且舰内结构此前已经严重受损的“来远”，再也承受不了如此沉重的打击，没有能够等得及和她曾经一起浴血的官兵们奋力抢救，在巨大的悲叹声中，满目疮痍的舰体向右侧翻转，露出了红色的舰底，最后整体倾覆在了海中，与她的姊妹“
经远”几乎是同样的姿态结束了她的生命。由于灾难来得太快，“来远”舰内的官兵根本来不及逃生，大都与他们的战舰长眠在海底。根据亲历
刘公岛保卫战的北洋海军军官卢毓英回忆：只有在露天甲板上的
管带邱宝仁、驾驶二副
谢葆璋等50余人落水得救。甲午战争结束后，邱管带心灰意冷，返回故里、从此再也没有回到海军。但是，后世却有谣言污蔑其在来远遭受攻击之际“登陆逐声伎未归也”（
姚锡光《
东方兵事纪略》）。使得邱宝仁背上了长达一百多年的不白之冤。
在当时举国忿斥海军“抗敌不力”的舆论大形势下，在没有办法从技术上解释战败原因的情况下，一些鸡毛蒜皮的小节甚至是捕风捉影的臆想都能被广泛的接受，所以并没有亲历
大东沟海战和刘公岛保卫战的姚锡光仅仅凭借着“听说”就定了邱宝仁管带的罪，并且很快的被大众舆论所接受；可是历史是要当事人的第一手叙述印证的，不然最多算是市井的八卦，并没有什么可信的价值。所以笔者相信：邱管带头上的不白之冤终有彻底平反昭雪的那天——
邱宝仁管带的孙子邱世骥先生如此回忆他的祖父：每次在回忆这段历史的时候，我都在想，如果我也遇到这种情况，我是否也这样勇猛呢？但历史毕竟不会回头，中国也不是当时的中国，我庆幸生活在这样的时代。