1994年起，负责编辑APEC海洋资源保育及渔业联合特刊（APEC Bulletin on Marine Resource Conservation and Fisheries）。
1995年起，邱文彦屡次担任“
行政院环境保护署”环境影响评估专案小组委员，审查重大的海岸地区开发案件。 长期推动海洋教育及环境政策，催生环境教育法，并推动
左营洲仔湿地、东砂海洋公园等多项计划。
2011年11月中国国民党提名其为2012年台湾地区“立法委员”选举不分区“
立法委员”。2012年1月14日，当选为
台湾地区“立委”。
2012年3月，
台湾“环保署”副署长邱文彦在“海峡两岸海洋论坛”上认为
太平岛可以由两岸合作开发，让大陆的专家学者也能上岛进行考察。并提出了将
太平岛建设成为“国际和平公园”的愿景。