2008年，执导以“地球，我们的家园”为题材的纪录片《最后的村落》，该片入围
中国（广州）国际纪录片大会评优活动。2010年，执导由
常铖、杨思琦等共同主演的年代剧《
岁月骄阳》。2011年，还执导了广东首部电影纪录片《
石磨坊的快乐》，该片是一部关于许鸿飞先生的纪录片，用三大部分来讲述许鸿飞的作品及其石磨坊的故事。
2016年，执导由
万梓良、
文熙、
楼云飞联合主演的现代爱情电影《
爱情对赌》；同年，执导由演员
罗家英、
杨思琦、
张磊联袂主演的青春校园电影《
不作不死不青春》；此外，他还担任了情感文艺电影《
回到原点》的导演，影片讲述了是一位事业有成的企业家与一位留守儿童之间演绎的情感文艺故事。
2017年，执导剧情电影《
我们回家吧》，该影片主要讲述了一名乡村教师和一群学生的故事；该片获得巴厘岛国际电影节最佳影片奖；接着，执导与万梓良合作的爱情电影《
情迷意大利》。2018年，执导电影短片《空》，该片入围世界民族电影节决赛名单、戛纳国际电影节的展映单元。
2019年，执导的剧情电影《我们回家吧》定档；8月9日，邱晓军导演的电影《寻找兰小草》在全国上映；8月30日，电视剧《安得广厦千万间》在杭州开机，邱晓军担任导演。
在文艺短片《空》中，邱晓军将家乡的好山好水，风土人情完美的诠释给世界观众，足以见证邱导的独具匠心。他以一名电影从业者的实际行动，响应与号召着更多人“记住乡愁”。而且， 他在制作上打破了常规影像，在画面上将采用黑白色调，结合长镜头的调度与运用，呈现一种不同寻常的视觉效果，以专业、娴熟且大胆的电影语言打开国际化通道。（网易娱乐、腾讯娱乐综合评）