邳州市交通运输局是全市交通运输行业的行政主管部门，履行全市公路建养、水上安全监管、水陆运输市场管理、运输服务业管理、运输生产安全管理等五大职能。
主要职责
（一）贯彻执行国家、省、徐州市交通运输工作方针政策和法律法规；组织拟订交通运输行业有关政策并监督实施；指导全市交通运输行业体制改革工作。
（二）组织编制全市综合运输体系规划；组织拟订并监督实施公路、航道、港口、地方铁路和交通物流业等行业规划和计划；负责编制城市公共交通发展规划，拟订城市公共交通和出租车行业规范并实施监督。
（三）组织实施国家、省、徐州市重点和大中型交通工程建设；负责全市交通运输基础设施建设和维护的行业管理工作；负责交通工程的质量监督；负责全市港口的岸线、陆域、水域的统一管理工作。
（四）承担全市道路、水路运输市场监管职责；负责城市公共交通和出租汽车行业管理，指导城乡客运一体化建设。拟订有关物流业政策和标准并监督实施。
（五）负责全市路政、运政、航政、港政等行政执法工作；负责本市通航水域及其他水域、港口的水上安全监督、内河救助打捞、水上交通事故的调查处理工作；负责船舶检验和船舶防污染监督管理工作。
（六）拟订全市交通运输行业有关投融资政策并监督实施；协调并参与交通运输建设资金筹集、使用和监管；负责交通规费的征稽管理和交通运输专项资金的管理；负责交通运输预算资金的申请、拨付和监管；负责交通运输行业内部审计工作。
（七）负责全市交通运输行业安全生产的监督管理；承担并指导交通运输行业应急处置工作；参与组织重点物资和紧急客货运输。
（八）承担市国防动员委员会交通战备办公室工作。
（九）制定全市交通运输行业科技和信息化政策、规划和规范并组织实施；组织协调交通运输行业信息化项目的建设与管理；开展相关统计工作，发布有关信息；指导并监督交通运输行业质量、技术、环保和节能减排工作。
（十）指导全市交通运输行业队伍建设和精神文明建设。
（十一）承办市政府交办的其他事项。
内设机构
邳州市交通运输局设下列内设机构：办公室、组织人事科、财务科、法制教育科、工程技术科、安全监督科、农村道路管理科、战备办公室、宣传信息科 、审计科、环保科、督查科、铁路科、信访科 、综合计划科
下属单位
有：公路站、海事处、运管所、航道站、港口处、综合所、客管处、质监站等事业单位，运输公司、航运公司、工程公司、劳服公司、通达养护公司、交通驾校、远通传媒、腾达汽修等交通直属企业，以及远通客运、汽车检测中心、公共交通公司、远通旅游公司、新城客运站、宏通客运站等客运企业。
现任领导
局长：李睿
获得荣誉
2022年1月，入选2019-2021年度江苏省文明单位候选名单。