1997年,执导个人首部短片《纪念拍照》。1999年,担任短片《冬眠》的导演。2005年,执导个人首部电影《
马拉松》,该片讲述了患有自闭症的主人公楚元,在母亲庆淑和教练正旭的训练下自我实现的故事,获得第41届韩国百想艺术大赏电影类奖项-大奖、第42届韩国电影大钟奖最佳电影奖,他凭借该片获得第26届韩国电影青龙奖最佳新人导演奖。
2007年,执导由
金惠秀、
黄宝罗共同主演的家庭喜剧电影《
不名誉的一家》。2008年,执导喜剧电影《
曾是超人的男子》,该片讲述了相信这世界上有超人的男主人公与为自己小杂志社追踪奇怪现象的女制作人之间的诙谐故事。
2015年,担任喜剧电影《
朝我心脏开枪》的编剧。2017年,执导短片《爸爸的剑》;同年,执导由
李政宰、
吕珍九、
金武烈联合主演的古装电影《
代立军》。
郑允哲以深入主题的细节执导风格为人所知。在电影《马拉松》中,郑允哲用细腻的手法和唯美的视听效果向观众展示了一个自闭症孩子单纯、执著、与大自然完美融合的澄澈无比的性灵,荡涤着每一个观众的心。影片的情节不算曲折复杂,导演匠心独运,通过各种手法来表现一个无法和人类社会正常交流的自闭症孩子内心世界的美好和宁静。这部电影拍摄得非常感人且耐人寻味,让每一个看过的人都难以自抑的深思人生的种种。此外,在感动人心的故事背后是导演郑允哲对于细腻生活的诠释的掌控能力(腾讯娱乐、《电影文学》、《时代文学》综合评)。