万历二十年（1592年，宣祖二十五年），郑凤寿中武举。适逢
壬辰倭乱，他在此后六年间一直扈从逃避日军的宣祖，录扈圣原从功臣。后历任部将、司仆主簿、汉城东部主簿。
天启七年（1627年，
朝鲜仁祖五年）正月，后金攻朝鲜（
丁卯之役）。铁山是明将
毛文龙在陆上的驻地，因此在义州失守后首当其冲，遭到后金攻击，郑凤寿将家属及部分民众转移到海岛中。当时弥串佥使张士俊在
龙川龙骨山城保境安民，并接受后金招安，郑凤寿前去投奔，屡次暗示张士俊反金，张士俊不为所动，他便与弟弟郑麒寿、龙川府士兵金宗敏等密谋举事。三月初二日，张士俊替后金传令城中所有人各负米十斗，送义州后金军中，违者斩。郑凤寿等趁机散布后金的真实目的是掳掠百姓到鸭绿江以北的谣言，造成全城恐慌，随后召集全城百姓，鼓动他们守城，得到百姓呼应。郑凤寿又请张士俊加入，愿推为其大将，张士俊认为难敌后金，且自己家属还在后金控制下的义州，因此拒绝。于是郑凤寿被推为大将，召集了四千义兵，以金宗敏为中军，辅佐自己守城，并同时派人通报朝鲜朝廷和毛文龙部。仁祖得知后，拜他为嘉山郡守。
麾下诸将劝郑凤寿杀了张士俊，郑凤寿认为此举会招来后金迅速报复，因此未杀。十一日，张士俊借口侦察后金情报，请去义州，诸将反对，并请求杀了他，郑凤寿仍然放行，认为可以将计就计，引后金来战，增加士气。张士俊向后金报告龙骨山城举事的情况，后金让他带着后金精锐三百人返回龙骨山城，他进城后举火为号，里应外合攻陷龙骨山城。等他进城后，郑凤寿发现他举止不对，郑麒寿又在晚间发现有后金兵伏于城外，于是他们当机立断，杀了张士俊及其亲信。三月十七日，后金军进攻龙骨山城，被郑凤寿击退。郑凤寿将后金首级十五颗给毛文龙，并请求接济。毛文龙大喜，授他为守备，又升为都司，并派部将毛永璇来龙骨山城联络，但并未提供粮食。郑凤寿又派张超等前往
江华岛报捷，四月初五日，仁祖得知捷报，超授郑凤寿为嘉善大夫，升任龙川府使兼助防将。
当时，朝鲜和后金已经缔盟，后金撤离了除义州之外的朝鲜其他地方，郑凤寿趁机掩击，并将获得的后金首级六颗及所获旗帽献给毛文龙，以求接济。毛文龙先后赏给他三百五十两银子，他就用这些银子在
皮岛换取粮食三百余石。其后朝鲜体察使府给他谷三百余石，毛文龙也借米三百石，加上其他来源，一共得粮千余石，但很快用完。郑凤寿屡请朝廷接济，但杯水车薪，无法解决气锁面临的困难。副元帅
郑忠信又请求将龙骨山城的义兵转移内地，郑凤寿麾下义兵闻讯后士气更加低落，到六月中旬，城市不断有义兵逃亡，只剩下不到千人，郑凤寿率将士二十五人护送城中五千老弱转移到铁山大鸡岛，离开不久后的六月十三日，义州的后金军就扑向龙骨山城，歼灭剩下的义兵。七月，郑凤寿奉命将老弱转移到内地，来到安州后，朝廷又命他守龙骨山城。十月，后金军已全部撤走，郑凤寿遂调任龟城府使。十二月，调任价川郡守兼防御使。
崇祯四年（1631年，仁祖九年）七月，调任庆尚右道兵马节度使，翌年辞职，寓居慈山（今朝鲜平安南道
平城市慈山农场）。
崇祯九年（1636年，仁祖十四年）二月，拜同知中枢府事。六月，迁训练都正。十二月，
丙子之役爆发，郑凤寿因生病而未能随仁祖到
南汉山城，到忠清道洪川避乱。翌年寓居京畿道长渊浦头里，六年后才回到慈山。